Die Kommission wurde im Juli 1988 von der litauischen Erneuerungsbewegung *Sąjūdis gegründet und widmete sich der Sammlung und Veröffentlichung von Materialien über die durch das sowjetische Regime Verfolgten. 1992 erfolgte die Umwandlung der Kommission in das Zentrum für Erforschung des Genozids in Litauen und 1993 rief das Parlament das *Zentrum für Erforschung von Genozid und Widerstand ins Leben. 1992 erschien der erste Band eines Verzeichnisses verfolgter Personen in Litauen 1939–41.