Mit der Zeit weitete sich der Widerstand gegen die kommunistische Herrschaft auch auf Gebiete jenseits der Grenzen Mazedoniens aus. Einen in Mazedonien noch endgültig zu bewertenden Platz unter den Dissidenten nahm Dragan Bogdanovski (1929–98) ein. Er vertrat die sogenannte maximalistische Strömung, die ein vereintes Mazedonien zum Ziel hatte. Seine Aktivitäten im Exil waren darauf gerichtet, in Europa, den USA und Australien mazedonische politische Organisationen zu etablieren (so etwa die in Paris gegründete Mazedonische Volksfront). Anfang der 70er Jahre war Bogdanovski einer der Gründer der Bewegung für die Befreiung und Vereinigung Mazedoniens, einer Geheimorganisation, an deren Spitze er sich dann stellte. Die Bewegung sah in den Mazedoniern ein eigenständiges Volk, das sie aus Jugoslawien herauslösen und mit den anderen historischen Teilen Makedoniens vereinigen wollte. 1976 entführte der jugoslawischen Geheimdienst Bogdanovski in Paris und brachte ihn nach Mazedonien, wo er wegen staatsfeindlicher Tätigkeit zu 13 Jahren Gefängnis verurteilt wurde. Nach seiner Haftentlassung war er weiter im Exil aktiv. Er gilt als der geistige Vater der am 17. Juni 1990 in Mazedonien gegründeten, konservativ orientierten Demokratischen Partei für Mazedonische Nationale Einheit (Demokratska Partija za Makedonsko Nacionalno Edinstvo; DPMNE). 2013 wurden Dokumente veröffentlicht, die nahelegten, dass Dragan Bogdanovski jahrelang für die jugoslawische Geheimpolizei gearbeitet habe. Eine endgültige Bewertung seiner Zusammenarbeit mit der Staatssicherheit steht jedoch noch aus.
Anfang der 90er Jahre wurde in Mazedonien unter dem Eindruck des fortschreitenden Zerfalls des sozialistischen Systems die juristische Rehabilitierung von im kommunistischen Regime hingerichteten Personen eingeleitet. Unter den strafrechtlich zu Rehabilitierenden befanden sich sowohl Kommunisten als auch Gegner des Systems, die für die Souveränität Mazedoniens und die Vereinigung seiner historischen Landesteile eingetreten waren.
Schon bald nach den Wahlen 1990 verabschiedete das mazedonische Parlament am 25. Januar 1991 die Erklärung der Souveränität der Republik Mazedonien. Erster Präsident wurde Kiro Gligorov. Die Regierungsverantwortung übernahm die aus dem Bund der Kommunisten hervorgegangene Sozialdemokratische Liga Mazedoniens (Socijaldemokratski sojuz na Makedonija; SDSM), die bis 1998 an der Macht blieb und dann erneut ab 2002 regierte. Einige Monate nach dem Austritt Kroatiens und Sloweniens aus den Föderationsstrukturen Jugoslawiens fand in Mazedonien ein Unabhängigkeitsreferendum statt, bei dem sich bei einer Wahlbeteiligung von 71 % insgesamt 95 % der Bürger für die Unabhängigkeit Mazedoniens aussprachen. Auch dieses Votum wurde vom Parlament bestätigt, worauf das Land am 17. September 1991 seine staatliche Souveränität erklärte.
Der Austritt Mazedoniens aus den Föderationsstrukturen Jugoslawiens vollzog sich anders als in den anderen Teilrepubliken ohne Blutvergießen. Mit Wirkung vom 1. Januar 1992 zog Mazedonien sämtliche mazedonischen Abgeordneten aus dem jugoslawischen Bundesparlament und -präsidium ab, ebenso alle mazedonischen Diplomaten, die im Ausland den Staat Jugoslawien vertreten hatten. Die Verhandlungen mit Belgrad über den Abzug der jugoslawischen Armee liefen erfolgreich; als Termin für den Abzug wurde der 15. April 1992 vereinbart. Die mazedonische Regierung übernahm die geräumten Militärobjekte und den Schutz der Staatsgrenzen.
Was die staatlichen Symbole anbelangt, so griff Mazedonien auf den antiken Staat Alexanders des Großen zurück, um so die Kontinuität eines unabhängigen Mazedoniens zu bekräftigen. Die Nationalflagge zierte zunächst das sechzehnstrahlige Sonnensymbol des Sterns von Vergina, eines Emblems der makedonischen Königsdynastie zur Zeit Philipps II. (382–336 v. Chr.). Das Symbol war 1977/78 bei Ausgrabungen im Königsgrab Philipps II. im griechischen Vergina entdeckt worden.
Ebenfalls 1992 bemühte sich Mazedonien um die Anerkennung durch die internationale Staatengemeinschaft und um Aufnahme in die Vereinten Nationen. Die internationalen Institutionen verlangten Verfassungsgarantien und die Versicherung, dass das Land keine Gebietsansprüche gegenüber den Nachbarstaaten anmelde. Außerdem sollte der Landesname geändert werden. Vor allem Griechenland zeigte sich nicht bereit, den Namen Republik Mazedonien zu akzeptieren. Am 8. April 1993 wurde die Souveränität Mazedoniens unter dem vorläufigen Namen Ehemalige jugoslawische Republik Mazedonien anerkannt. Seit 2019 trägt das Land die offizielle Bezeichnung Republik Nordmazedonien.