Die Haltung der kommunistischen Zentralgewalt in Belgrad hinterließ auch Spuren in der Frage der Kodifizierung der mazedonischen Schriftsprache. So wurde auf Mitglieder der 1944 gegründeten Kommission für Normierung, Alphabet und Rechtschreibung der mazedonischen Sprache massiv Druck ausgeübt, denn innerhalb dieses Gremiums wurden zwei gegensätzliche Konzeptionen der mazedonischen Rechtschreibung diskutiert. Einige Kommissionsmitglieder (darunter Georgi Kiselinov) sprachen sich dagegen aus, Schriftzeichen des serbischen (kyrillischen) Alphabets in das Mazedonische zu übernehmen. Unter den Protestierenden war auch Venko Markovski, ein für seine Gedichte aus der Zwischenkriegszeit bekannter Autor, der sich für ein eigenes mazedonisches Alphabet aussprach. 1945 wurde jedoch durchgesetzt, dass sich die mazedonische Schriftsprache am serbischen Alphabet orientieren sollte.
Mitglieder der 1944 gegründeten Kommission für Normierung, Alphabet und Rechtschreibung – sitzend in der Mitte Georgi Kiselinov, stehend (3. von links) Venko Markovski.
Unmut und Enttäuschung angesichts des sehr beschränkten Status der Teilrepublik Mazedonien in den Strukturen Jugoslawiens und der fehlenden Möglichkeit, selbst über die eigene Zukunft zu entscheiden, führten zur Gründung von Verbänden und Vereinen, die sich die Unabhängigkeit Mazedoniens auf ihre Fahnen geschrieben hatten, darunter der Demokratische Bund der Republik Mazedonien. In den nach dem Krieg entstandenen Organisationen kamen Vertreter verschiedener politischer Ausrichtung zusammen, die sich häufig in der Tradition der bereits im 19. Jahrhundert gegründeten Inneren Mazedonischen Revolutionären Organisation (Vnatrešna makedonska revolucionerna organizacija; VMRO) sahen. Deren Name wurde um das Wort „Pravda“ (Wahrheit) ergänzt und hieß fortan Innere Mazedonische Revolutionäre Organisation – Wahrheit. Gegründet wurde auch die Demokratische Front Mazedoniens – Ilinden 1903 (Demokratski front na Makedonija – Ilinden 1903), die in der Tradition des Aufstandes gegen die Türken im Jahre 1903 stand. Dieser ging in die mazedonische Geschichte als sogenannter Ilinden-Aufstand ein, da er am 2. August, dem Elias-Tag (Bulgarisch/Mazedonisch: Ilinden) ausgebrochen war. Für die kommunistischen Machthaber hatten diese Organisationen staatsfeindlichen Charakter, denn diese richteten sich angeblich gegen das mazedonische Volk und den jugoslawischen Staat. Ihre Mitglieder wurden als vermeintliche Volksverräter zu langjährigen Freiheitsstrafen verurteilt.
Eine weitere Verhaftungswelle (nach der ersten unmittelbar nach Kriegsende) fand während des Konflikts zwischen Jugoslawien und der Sowjetunion 1948/49 statt. In der Auseinandersetzung mit Moskau ging es um die Unterordnung unter Stalins Willen, dem sich Belgrad verweigerte. Dies führte zum Bruch mit der UdSSR und zum Ausschluss Jugoslawiens im Juni 1948 aus dem Informationsbüro der Kommunistischen und Arbeiterparteien (Kominform). In Jugoslawien versuchte die Belgrader Führung im Rahmen von sogenannten Anti-Kominform-Aktionen auch die Führung der Kommunistischen Partei Mazedoniens von potenziellen, faktischen oder auch nur eingebildeten (in jedem Fall jedoch unbequemen) Gegnern zu säubern. Wie in den anderen Teilrepubliken deportierte man diese oftmals ohne Gerichtsurteil zur Zwangsarbeit auf die kroatische Gefängnisinsel Goli otok oder in die speziell eingerichteten Haftanstalten auf verschiedenen anderen Adriainseln wie Sveti Grgur und Ugljan.
Wegen ihrer angeblichen kominformfreundlichen Haltung wurden viele bekannte mazedonische Persönlichkeiten aus Politik und Kultur inhaftiert, darunter die Gründer des Antifaschistischen Rates für die Nationale Befreiung Mazedoniens Petre Piruze-Majski (ehemaliger Justizminister Mazedoniens) und Panko Brašanarov. Auf der Gefängnisinsel Goli otok hielt man auch den Dichter Venko Markovski, Mitglied der Sprachkommission und Abgeordneter des mazedonischen Parlaments, sowie seinen Dichterkollegen Duško Nanevski gefangen. Nach seiner Entlassung emigrierte Venko Markovski 1966 nach Bulgarien. In Mazedonien diente die Anschuldigung, Stalins Politik Vorschub zu leisten, die im Widerspruch zum Titoismus stehe, in vielen Fällen lediglich als Vorwand, um sich all jener zu entledigen, die eine Vereinigung Mazedoniens nicht mit Jugoslawien, sondern mit Bulgarien anstrebten. Derartige Auffassungen wurden als „bulgarophiler Autonomismus“ verfolgt. Zu den wegen ihrer „bulgarophilen“ Haltung Inhaftierten gehörten Lazar Sokolov (hochrangiger Funktionär der Kommunistischen Partei Mazedoniens), Pavel Šatev (Mitglied der bereits vor 1903 aktiven Terrorgruppe „Gemidži“ und später Präsidiumsmitglied des Antifaschistischen Rates für die Nationale Befreiung Mazedoniens) sowie Blagoj Hadžipanzov (Botschaftsrat in Sofia).
Auch während der kommunistischen Herrschaft ließen die Gebietsansprüche der Nachbarstaaten gegenüber Mazedonien nicht nach. So wurden immer wieder großserbische Ansprüche erhoben und von bulgarischer und griechischer Seite wurde des Öfteren die Existenz des mazedonischen Volkes infrage gestellt. In dieser Atmosphäre entstanden mazedonische Organisationen, die Forderungen nach einem Groß-Mazedonien und der vollen staatlichen Eigenständigkeit erhoben. Vertreter solcher Gruppen mussten Repressionen in Kauf nehmen. Zu Haftstrafen wurden zum Beispiel 1963 Mitglieder einer Geheimorganisation verurteilt, die sich in der Tradition der Inneren Mazedonischen Revolutionären Organisation sah. Ein Jahr darauf standen Aktivisten einer Gruppe aus Kičevo vor Gericht, die sich den Namen Selbständige Illegale Mazedonische Organisation gegeben hatte.
Im Laufe der Zeit wurde die Dezentralisierung des jugoslawischen Staates zu einem der wichtigsten Reformvorhaben in den Bereichen Staatsaufbau, Nationalitätenpolitik und Wirtschaft, das Politiker aus den Teilrepubliken unterstützten. Die Dezentralisierungs- und Reformbestrebungen waren letztlich der großangelegte Versuch, den Einfluss serbischer Politiker zu beschränken. Letzteren warf man vor, die jugoslawische Staatsführung zu dominieren. Im Zuge der Politik der 60er Jahre, Nationalitätenunterschiede innerhalb des jugoslawischen Gesamtstaates demonstrativ zu akzeptieren, kam es auch zu einer Emanzipierung der mazedonischen Volksgruppe. Die Regierung der mazedonischen Teilrepublik konnte Initiativen im Kultur- und Wissenschaftsbereich umsetzen, die für die kulturelle Identität von enormer Wichtigkeit waren. So wurde 1967 nicht nur die Mazedonische Akademie der Wissenschaften und Künste etabliert, sondern auch die Autokephalie (Eigenständigkeit) der Mazedonisch-Orthodoxen Kirche verkündet.
Die Staatsführung der Föderation wandelte sich damit zu einem Garanten für die Existenz der mazedonischen Staatlichkeit, die auf das Territorium des Vardar-Makedonien begrenzt war. Nicht geduldet wurden hingegen jedwede wie auch immer gearteten Aktivitäten, in denen Belgrad eine Gefährdung der Beziehungen zu den Nachbarstaaten Jugoslawiens sah. Gleiches galt, wenn die sozialistische Gesellschaftsordnung Jugoslawiens infrage gestellt wurde. Als vorbeugende Maßnahme ließ die Staatsführung beispielsweise die gesamte Auflage der Zeitschrift „Sovremenost“ (Nr. 3/1974) einstampfen, weil darin das Gedicht „Bez naslov“ (Ohne Titel) des aus Ägäis-Makedonien stammenden Dichters Dimitar Jonovski abgedruckt war. Begründet wurde diese Entscheidung damit, dass das Gedicht als Kritik an der Gesellschaftsordnung der Sozialistischen Republik Mazedonien interpretiert werden könnte. Zensurmechanismen bewirkten, dass oftmals Autoren selbst Werke wieder zurückzogen, die bereits für den Druck in Literaturzeitschriften vorgesehen waren. Dies tat zum Beispiel der aus Ägäis-Makedonien stammende Schriftsteller Risto Jačev sowie zahlreiche verantwortliche Redakteure, die aus den Verlagsprogrammen Gedichte von Ljuben Taškovski entfernten.
Repressionen ausgesetzt waren auch einige Mazedonier, die in den zentralen Föderationsstrukturen Jugoslawiens tätig waren. 1978 fiel der hohe Regierungsbeamte Kiro Gligorov, ein kommunistischer Funktionär aus den Zeiten des Antifaschistischen Rates für die Nationale Befreiung Mazedoniens, in Ungnade und verlor seine Ämter. Einige Jahre später wurde er auch aus dem Zentralkomitee der Partei geworfen, weil er von der Notwendigkeit gesprochen hatte, marktwirtschaftliche Prinzipien zu berücksichtigen.