Anna Šabatová wurde 1951 als Tochter von Jaroslav Šabata in Brünn (Brno) geboren. Nach dem Abitur 1969 studierte sie Philologie und Geschichte am Philologischen Institut der Brünner Universität. Vor den Parlamentswahlen im Herbst 1971 wurde sie, wie schon ihr Vater und ihre beiden Brüder, für die Verbreitung von Flugblättern verhaftet, auf denen sie geschrieben hatte, dass Wahlen keine Pflicht, sondern ein Recht seien. Anschließend wurde sie wegen „umstürzlerischen Verhaltens“ zu drei Jahren Gefängnis verurteilt. Sie kam im Dezember 1973 auf Bewährung wieder frei, durfte danach aber ihr Studium nicht fortsetzen.
Nach ihrer Hochzeit 1974 mit Petr Uhl zog sie nach Prag. 1974–77 arbeitete sie mit kritischen Linken aus West-Berlin zusammen und war daran beteiligt, tschechoslowakische Samisdatliteratur in den Westen und westliche Literatur in die Tschechoslowakei zu schmuggeln und dort zu verbreiten. Ende 1976 unterschrieb sie die Erklärung der Charta 77 und engagierte sich von Anfang an in der Bürgerrechtsbewegung. 1978 war sie Mitgründerin des Komitees zur Verteidigung der zu Unrecht Verfolgten (Výbor na obranu nespravedlivě stíhaných; VONS). Ende Mai 1979 übernahm sie nach der Verhaftung ihres Mannes Petr Uhl bis zu seiner Entlassung im Mai 1984 die Herausgeberschaft der „Informationen über die Charta 77“ (Informace o Chartě 77; INFOCH), die die wichtigste Informationsquelle über die Arbeit der Charta 77 darstellten. Die Wohnung Šabatovás war zu jener Zeit Treffpunkt für Menschen- und Bürgerrechtler aus der ganzen Tschechoslowakei, weshalb sie auch häufig von Staatssicherheit und Polizei durchsucht wurde. Beruflich war sie nach einer fast zehnjährigen Zeit im Mutterschutz ab 1984 Heizerin in einem Hotel, danach Spülkraft für Laborgläser.
1986 wurde sie zusammen mit Martin Palouš (dem Sohn von Radim Palouš) und Jan Štern zur Sprecherin der Charta 77 gewählt. Dieses Amt übte sie bis Anfang 1987 aus, als sie dem Gründerkreis der Tschechoslowakisch-polnischen Solidarität (Československo-polská solidarita) beitrat. Ein Jahr später wurde sie zusammen mit Petr Pospíchal und Ján Čarnogurský zu deren Sprecherin gewählt. 1988 gründete sie gemeinsam mit Petr Pospíchal, Petr Uhl und Jan Urban die Osteuropäische Informationsagentur (Východoevropská informační agentura; VIA), deren Aufgabe es war, den Kontakt zu den anderen Oppositionsgruppen Ostmitteleuropas herzustellen und einen Pressedienst für tschechoslowakische und westliche Medien zu liefern. Im selben Jahr begann sie ein Studium an einer der Untergrunduniversitäten.
1990 nahm sie ein Philosophiestudium an der Prager Karls-Universität auf und verteidigte 1996 ihre Diplomarbeit in tschechischer Philologie. Aufgrund ihrer Aktivitäten in der Bürgerrechtsbewegung Charta 77 und im Komitee zur Verteidigung der zu Unrecht Verfolgten wurde sie zu einer der meist geschätzten tschechoslowakischen Bürgerrechtlerinnen. Als Mitglied des Komitees zur Verteidigung der zu Unrecht Verfolgten beobachtete sie Prozesse gegen Dissidenten und wurde selbst mehrfach verhaftet und verhört. Im November 1989 setzte sie sich dafür ein, Medien und Gesellschaft über die Samtenen Revolution zu informieren. In ihrer Wohnung befand sich auch das Büro der Osteuropäischen Informationsagentur.
Nach der Samtenen Revolution wurde sie 1990 beim Ministerium für Arbeit und Soziales Beraterin für den Kontakt zu Nicht-Regierungsorganisationen. 1992–97 arbeitete sie als Redakteurin, ab 1998 im Städtischen Amt für soziale und Präventionsdienste des Prager Magistrats. 1999/2000 war sie freie Beraterin des Ministeriums für Arbeit und Soziales.
Mit Menschenrechtsfragen beschäftigte sich Šabatová auch unter demokratischen Verhältnissen: Ab 1994 engagierte sie sich in der Bewegung für bürgerliche Solidarität und Toleranz (Hnutí občanské solidarity a tolerance), ab 1996 im Tschechoslowakischen Helsinki-Komitee (Československý helsinský výbor), dessen stellvertretende Vorsitzende sie ab 1998 war. Aufgrund der NATO-Luftangriffe auf Jugoslawien trat sie 1999 aus dem Komitee aus. Für ihren jahrelangen Einsatz für die Menschenrechte erhielt sie 1998 zum 50. Jahrestag der Gründung der Vereinten Nationen deren Menschenrechtspreis. 2001–07 war sie stellvertretende Ombudsfrau und 2014–20 Ombudsfrau für die Verteidigung der Rechte der Bürger der Tschechischen Republik (http://www.ochrance.cz/).