Jaroslav Šabata wurde 1927 im südmährischen Tullnitz (Dolenice) geboren und entstammte einer katholischen Bauernfamilie. Er wuchs in einem deutsch-tschechischen Umfeld auf, seine Mutter war Deutsche. Šabata ging in Brünn (Brno) aufs Gymnasium, musste das letzte Jahr des Zweiten Weltkrieges jedoch Zwangsarbeit leisten. Nach Kriegsende 1945 und Abitur 1946 studierte er Philosophie, Geschichte und Psychologie an der Brünner Masaryk-Universität, wo er 1953–1964 als Dozent am Lehrstuhl für Marxismus-Leninismus tätig war und anschließend fünf Jahre lang die Leitung des Lehrstuhls für Psychologie innehatte.
Gleich nach dem Krieg trat er in die Kommunistische Partei ein. In der zweiten Hälfte der 50er Jahre und in den 60er Jahren engagierte er sich in der Reformbewegung des Landes und gehörte zu den Anhängern einer Reform der Kommunistischen Partei der Tschechoslowakei (KPČ). 1968 wurde er Parteisekretär im südmährischen Regionalkomitee der KPČ in Brünn. Šabata war die führende Kraft der Plattform „Neue Initiative jetzt!“, in der sich die einflussreichsten Parteiintellektuellen zusammenfanden. Deren Ziel war es, Druck auf die Parteiführung auszuüben, damit sie nicht vom demokratischen Erneuerungsprogramm abrücke. Im August 1968 nahm Šabata am außerordentlichen Parteikongress teil, der gegen den Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei protestierte. Im Mai 1969 wurde er aller seiner Parteiämter enthoben und verlor Ende des Jahres auch seine Anstellung als Universitätsdozent, woraufhin er als Bauarbeiter arbeitete. In den kommenden zwei Jahren engagierte sich Jaroslav Šabata für den Aufbau von regimeunabhängigen Strukturen. Er schrieb das „Kleine Aktionsprogramm“, das an die Reformversuche des Prager Frühlings anknüpfte und in dem Teile der linken Opposition Ziele wie den Aufbau eines Sozialismus als politisches System, das sich auf die Selbstverwaltung in Politik und Wirtschaft sowie auf die Achtung der Menschen- und Bürgerrechte stützt, umriss.
Šabata organisierte die erste große Verteilaktion von Flugblättern, in denen er zum Boykott der Wahlen 1971 aufrief. Noch vor Ende dieser Aktion wurde er für kurze Zeit verhaftet und im Sommer 1972 dann zu sechseinhalb Jahren Gefängnis verurteilt. In einem ähnlichen Prozess wurden auch seine beiden Söhne sowie seine Tochter Anna Šabatová abgeurteilt.
Wenige Tage, nachdem er im Dezember 1976 auf Bewährung aus dem Gefängnis entlassen wurde, unterschrieb er die Petition der Charta 77 und beteiligte sich an der Ausarbeitung von Grundsätzen der Arbeit der Charta 77. Der Text „Was ist mit der Charta?“ (Co s Chartou?) löste eine Diskussion über die Bürgerrechtsbewegung Charta 77 aus, als diese sich in einer schweren Krise befand. Im Frühjahr 1978 wurde Šabata einer der Sprecher der Charta 77. Er wurde im Oktober 1978 erneut verhaftet, als er sich auf dem Weg zu einem Treffen mit polnischen Oppositionellen in der Nähe der tschechoslowakisch-polnischen Grenze aufhielt. Anschließend wurde er zu neun Monaten Haft wegen eines vermeintlichen „Angriffes auf einen Staatsbeamten“ verurteilt. Die noch nicht verbüßte Restzeit seiner Bewährungsstrafe von 18 Monaten wurde diesem Urteil hinzugerechnet, sodass er bis Dezember 1980 in Haft saß. Nach seiner Freilassung übte er weiterhin die Funktion eines Sprechers der Charta 77 aus. Er initiierte den Dialog zwischen osteuropäischen Menschenrechtsaktivisten und westeuropäischen Organisationen, der nach seiner Überzeugung zur Überwindung des sowjetischen Machteinflusses beitragen sollte. Die Idee universaler Menschenrechte stellte für ihn das Fundament eines zukünftigen vereinten Europas dar.
Große Bedeutung kam seiner Beteiligung an der Entstehung des wichtigsten politischen Textes der Charta 77 zu, dem Prager Aufruf (Pražská výzva). Dieser wurde zum Zeitpunkt von Michail Gorbatschows Regierungsantritt veröffentlicht und formulierte erstmals die Notwendigkeit der demokratischen Wiedervereinigung Deutschlands als Bedingung für ein vereintes demokratisches Europa:
„Wenn man in der Perspektive der europäischen Einigung niemandem das Recht auf Selbstverwirklichung streitig machen kann, dann gilt das auch für die Deutschen. Wie alle übrigen, so kann auch dieses Recht nicht auf Kosten anderer zur Geltung gebracht werden, auch nicht, indem man ihre Befürchtungen übersieht. Erklären wir also eindeutig, dass der Ausweg nicht in einer nochmaligen Revision der europäischen Grenzen gesucht werden kann. Grenzen sollten im Rahmen der europäischen Annäherung immer weniger bedeutsam werden, doch auch das kann nicht als Gelegenheit zu nationalistischen Rückfällen ausgelegt werden. Erkennen wir aber offen den Deutschen das Recht zu, sich frei zu entscheiden, ob und in welcher Form sie die Verbindung ihrer zwei Staaten in ihren heutigen Grenzen wollen. Nach den Ostverträgen Bonns und nach Helsinki könnte der Abschluss eines Friedensvertrags mit Deutschland eines der bedeutenden Instrumente eines positiven Wandels in Europa werden.“ (Aus: Opposition in der DDR von den 70er Jahren bis zum Zusammenbruch der SED-Herrschaft, Wiesbaden 1999).
Das Manifest „Demokratie für alle“ (Demokracie po všechny) aus dem Jahr 1988, aus dem die Bewegung für Bürgerfreiheit (Hnutí za občanskou svobodu; HOS) hervorging, markierte die Wende in der Oppositionsaktivität: den Übergang vom Kampf mit den Machthabern hin zum direkten Dialog mit den Bürgern.
Der November 1989 machte Šabata zur führenden Figur der Samtenen Revolution in Brünn. Am 22. November wurde er zum Vorsitzenden des dortigen Bürgerforums (Občanské fórum; OF) gewählt und zog einen Monat später als nachrückender (kooptierter) Abgeordneter in die Föderalversammlung, das tschechoslowakische Parlament, ein. Dort übernahm er einen Posten im Parlamentspräsidium und war Vorsitzender des Auswärtigen Ausschusses. 1990–92 war er Minister ohne Geschäftsbereich und von Juli bis Dezember 1992 Berater des Parlamentspräsidenten und späteren slowakischen Präsidenten Michal Kováč. In den Jahren nach der Samtenen Revolution engagierte sich Šabata für die Stärkung zivilgesellschaftlicher Belange in der Politik. So war er einer der Initiatoren des deutsch-tschechischen und des tschechisch-slowakischen Dialogs und Mitglied der Bürgerbewegung (Občanské hnutí; OH). In den 90er Jahren arbeitete er unter anderem als Publizist, trat in die Tschechische Sozialdemokratische Partei ein und leitete sieben Jahre lang die im deutsch-tschechischen und europäischen Dialog engagierte Bernard-Bolzano-Stiftung. Jaroslav Šabata starb am 14. Juni 2012 in Brünn.