Ludvík Vaculík wurde 1926 im mährischen Brumov (Brumow) geboren und entstammt einer Zimmermannsfamilie. 1941–46 arbeitete er in den Schuhfabriken von Tomáš Baťa in Zlín und Zruč nad Sázavou (Srutsch an der Sasau). 1943 schloss er seine zweijährige Berufsschulausbildung zum Schuster und 1946 seine Ausbildung zum Außenhandelskaufmann ab. 1946–50 studierte er am Institut für Politikwissenschaft und Journalismus der Prager Hochschule für Politik- und Sozialwissenschaften. 1948–51 war er als Erzieher in Internaten in Benešov nad Ploučnicí und Prag angestellt. Die Erfahrungen aus dieser Zeit beschrieb er 1963 in seinem Debütroman „Rušný dům“ (Ein unruhiges Heim).
Nach zweijähriger Wehrpflicht wurde er 1955 Redakteur in der Abteilung für politische Literatur bei der Parteizeitung „Rudé právo“ (Rotes Recht), anschließend bei einer Landwirtschaftszeitschrift und ab 1959 in der Programmredaktion für Kinder und Jugendliche des Tschechoslowakischen Rundfunks. Ab September 1965 schrieb er als Redakteur für die „Literární noviny“ (Literaturzeitung). 1966 veröffentlichte er den Roman „Sekyra“ (Das Beil), welcher in der tschechische Literaturszene einen nachhaltigen Eindruck hinterließ. Mit dem Erfolg dieses Buches wurde Vaculík zu einer der einflussreichsten und bekanntesten Persönlichkeit im tschechoslowakischen Kulturleben.
In den 60er Jahren distanzierte er sich vom Kommunismus. Der Paukenschlag folgte im Juni 1967, als er mit einer harschen Rede auf dem IV. Kongress des Tschechoslowakischen Schriftstellerverbands einen großen Teil der kommunistischen Parteiführung brüskierte: Vaculík stellte die These auf, dass die Gesellschaft von einer Handvoll Vermögender regiert werde, während die Bürger lernen sollten, Leibeigene zu sein. Für Vaculík war die Demokratie in der Tschechoslowakei unterdrückt. Die Reaktion auf diese Rede folgte umgehend: Vaculík wurde sofort aus der Partei ausgeschlossen und wegen Beleidigung des Staates angeklagt.
Im Juni 1968 verfasste Vaculík den wohl berühmtesten Text des Prager Frühlings, das „Manifest der 2.000 Worte“ (Dva tisíce slov), in dem er das Reformtempo als zu langsam kritisierte und dazu aufrief, Bürgerkomitees zu gründen, die unabhängig von den offiziellen Regierungsorganen handeln sollten. Die Bedeutung dieses Manifests, das bereits kurz nach seiner Veröffentlichung in den „Literární listy“ von mehreren tausend Menschen unterschrieben wurde, war gewaltig. Am Ende sollten zirka 120.000 Personen den Text unterschrieben haben, darunter zahlreiche bekannte Vertreter aus Kultur, Wissenschaft und Sport. Das Manifest wurde von der Führung der Kommunistischen Partei (KPČ) mit Alexander Dubček an der Spitze zurückgewiesen. Trotzdem nahmen auch die Kommunisten den Erfolg des Manifestes zur Kenntnis – allerdings sahen sie darin die Bestätigung für den Beginn einer Konterrevolution in der Tschechoslowakei mit Vaculík als dem größten Konterrevolutionär. 1969 wurde die Wochenzeitschrift „Listy“ eingestellt.
Vaculík verfasste gemeinsam mit Rudolf Battěk, Václav Havel, Karel Kyncl, Milan Lakatoš sowie dem ehemaligen Redakteur der Zeitschrift „Reporter“, Vladimír Nepraš, dem Journalisten und Schachmeister Luděk Pachman, dem Historiker Jan Tesař, dem Jugendaktivisten Jozef Wagner und Pavel Kohout am 21. August 1969 zum Jahrestag des Einmarsches von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei den Appell „Zehn Punkte“ (Deset bodů). Darin lehnten sie die sogenannte „Normalisierung“ ab und ermutigten die tschechoslowakischen Bürger dazu, sich in ihrem Leben nach ihren eigenen Grundsätzen und Werten zu richten. Im Herbst desselben Jahres wurden er und die anderen Verfasser dann wegen „Vorbereitung eines Verbrechens zum Schaden des Staates“ angeklagt. Vaculík wurde im Unterschied zu Pachman, Tesař und Battěk jedoch nicht verhaftet.
Ab 1970 nahm er an den Schriftstellertreffen in der Wohnung von Ivan Klíma, dessen Texte verboten worden waren, teil. Ende 1972 gründete Vaculík den unabhängigen Verlag Edice Petlice (Edition Türriegel). 1975 entschied er sich, gemeinsam mit Pavel Kohout monatliche Feuilletons zu schreiben. Diese jeweils dreiseitigen Texte waren von einem ganz speziellen Stil geprägt und verbanden Beschreibungen persönlicher Erlebnisse mit Reflexionen zur aktuellen politischen Situation. Die Autoren schrieben dazu: „Drei Seiten sind das Längste an Text, das zu ertragen ist, wenn wir wollen, dass die Menschen diese Texte abschreiben.“ Die Feuilletons wurden 1990 nach dem Ende des Kommunismus in den beiden Bänden „Jaro je tady“ (Der Frühling ist da) und „Srpnový rok“ (Augustjahr) veröffentlicht. Ende der 70er Jahre engagierte er sich in der Redaktion der Zeitschrift „Československý fejeton/fejtón“ (Tschechoslowakisches Feuilleton) und in der Sammlung „Hodina naděje – Almanach české literatury 1968–1978“ (Stunde namens Hoffnung – Ein tschechischer Literaturalmanach 1968–1978).
Seit Ende der 60er Jahre war Vaculík nirgendwo mehr angestellt. In den 70er und 80er Jahren lebte er von den Auslandshonoraren für seine Romane und Feuilletonbeiträge und er erhielt finanzielle Unterstützung von der Stiftung der Charta 77. Die Arbeit in seinem Verlag Edice Petlice setzte ihn der Verfolgung durch die Staatssicherheit aus: 1975 wurden während einer Hausdurchsuchung bei ihm neben Manuskripten auch intime Fotos beschlagnahmt, mit denen er später erpresst wurde. Im Frühjahr 1977 erschienen diese Bilder als Teil einer Propagandakampagne gegen die Bürgerbewegung Charta 77 und deren Unterstützer öffentlich in der Wochenzeitschrift „Ahoj“ (Hallo).
Vaculík wirkte bei der Entstehung der Bürgerbewegung Charta 77 und bei der Herausgabe ihrer ersten Erklärung mit. Er gehörte zu den Erstunterzeichnern ihrer Petition, und nahm damit vielen anderen Menschen, die später hinzugekommen waren, die Angst vor Verfolgung. Er verteilte Texte zum Vervielfältigen durch Abschreiben und schrieb selbst zahlreiche Texte ab, die eine bedeutende Rolle für das Zusammenwachsen verschiedener Oppositionskreise spielten. Großes Aufsehen erregte sein Roman „Český snář“ (Tschechischer Traum), der 1981 erst im Samisdat und später im Ausland erschien. In der Bundesrepublik kam der Roman 1981 unter dem Titel „Tagträume – Alle Tage eines Jahres“ heraus. In der Form täglicher Einträge, die im Januar 1979 beginnen und Februar 1980 enden, beschrieb er darin die Situation der Mitglieder der Charta 77 auf solch offene und psychologisch glaubwürdige Art, dass einige der Dargestellten sich daran störten. In den Kreisen der Charta 77 befürchteten einige sogar, dass er damit der Staatssicherheit vertrauliche Informationen über vergangene Aktionen und zwischenmenschliche Verhältnisse zugespielt habe.
1981 gründete er mit anderen die Monatsschrift „Obsah“ (Inhalt), die zu Teilen an die Tradition der „Literární noviny“ anknüpfte. Ab Ende 1987 schrieb er in der Rubrik „Poslední slovo“ (Das letzte Wort) Artikel für „Lidové noviny“ (Volkszeitung) und war darüber hinaus Mitglied im Rat der Gesellschaft zur Förderung der „Lidové noviny“. Nach dem Sieg der Demokratie 1989 lehnte er jegliche öffentlichen Funktionen und Ämter ab und betätigte sich wieder publizistisch.
Ludvík Vaculík starb 2015 in Prag.