Der Staatssicherheitsdienst reagierte darauf mit der Beschlagnahme des gesamten Archivs von Minew. Minew wurde von der Miliz vorgeladen, auf dem Revier geschlagen und er erhielt Todesdrohungen. 1987 äußerte die American Broadcasting Company ABC in einem ihrer Kommentare die Besorgnis der amerikanischen Regierung angesichts der Nichteinhaltung der Menschenrechte in Bulgarien. Der Sender zitierte dabei Passagen aus Minews Appell an die Wiener KSZE-Konferenz.

Am 16. Januar 1988 gelang es Minew, eine schon lange gehegte Idee umzusetzen: In seiner Wohnung gründeten sieben Personen die Unabhängige Gesellschaft zum Schutz der Menschenrechte. Dieses Datum gilt als Beginn der organisierten Dissidentenbewegung in Bulgarien. In Punkt 1 des Statuts der Gesellschaft hieß es, diese sei keine politische Organisation. Dennoch wurde sie von den Behörden nicht zugelassen. Auf Anordnung von Staats- und Parteichef Todor Schiwkow wurde ein halbes Jahr darauf vielmehr ein regimetreues Menschenrechtskomitee ins Leben gerufen. Einige Monate darauf druckte das Zentralorgan der Partei „Rabotničesko delo“ einen Artikel, in dem die Forderungen der Unabhängigen Gesellschaft zum Schutz der Menschenrechte als „verfassungsfeindlich, staatsfeindlich, antisozialistisch“ bezeichnet wurden. Die Gesellschaft sei darauf gerichtet, das „bestehende politische System und die rechtmäßig gewählten Machtorgane zu stürzen“. Weiter hieß es, die Menschenrechtsorganisation könne „nur schwer verbergen, dass sie Merkmale einer illegalen Organisation [besitze], die zu ihren Kampfmethoden durchaus auch extreme Formen des politischen, moralischen und physischen Terrors“ zähle.

Ende 1988 hatte die Unabhängige Gesellschaft zum Schutz der Menschenrechte 25 Mitglieder. Als sie in Ichtiman versuchte, ihre erste Versammlung abzuhalten, wurden die Teilnehmer bereits auf dem Bahnhof verhaftet. Viele der Gründungsmitglieder zwangen die Behörden später zur Ausreise aus Bulgarien. Minew trat daraufhin erneut für 63 Tage in den Hungerstreik. Vom 12. Januar bis zum 16. März 1989 protestierte er so gegen die Beschlagnahme des literarischen Archivs des Sekretärs der Gesellschaft, Petar Manolow.

Insgesamt verbrachte Minew 33 Jahre seines Lebens wegen seines Einsatzes gegen Totalitarismus und für Menschenrechte in kommunistischen Gefängnissen. 480 Tage lang befand er sich im Hungerstreik.

Nach dem politischen Umbruch gab Minew 1991–95 die Zeitschrift „Svobodno slowo“ (Freies Wort) heraus, von der 48 Ausgaben erschienen. Ilija Minew starb 2000 in einem Pflegeheim in Pasardschik. Posthum wurde er noch im Jahr seines Todes mit der höchsten staatlichen Auszeichnung Bulgariens geehrt.