In der Folge war Eppelmann an der Organisierung und Unterstützung zahlreicher Aktivitäten kirchlicher Friedens- und Menschenrechtsgruppen beteiligt. Er wurde mehrmals in den Fortsetzungsausschuss des jährlichen Basisgruppentreffens „Frieden konkret“ gewählt. Seit dem Berliner Appell organisierte und unterstützte Eppelmann nicht nur Kontakte und den Austausch mit Kirchengemeinden im Westen wie im Osten, sondern hielt auch Kontakte zur westdeutschen Partei „Die Grünen“. Gleichzeitig entwickelte er die Gemeindearbeit weiter. Lesungen mit Autoren oder Ausstellungen mit Künstlern wurden in kirchliche Veranstaltungen integriert. 1983 schloss er mit Mient Jan Faber von der niederländischen Friedensorganisation „Interkirchlicher Friedensrat“ (Interkerkelijk Vredesberaad, IKV) einen persönlichen Friedensvertrag ab. In der Folge entstanden viele Friedensverträge der Samaritergemeinde mit Kirchengemeinden aus NATO-Ländern.
Eine gewisse Distanz hielt Eppelmann zu den bundesdeutschen Grünen ab November 1983. Durch eine vorgezogene Pressekonferenz der Partei scheiterte die Durchführung einer gemeinsamen und damit bewusst gesamtdeutsch angelegten Friedensdemonstration gegen die Aufstellung amerikanischer und sowjetischer Mittelstreckenraketen in der Bundesrepublik und der DDR am 4. November 1983. In der DDR wurden die Beteiligten bereits auf dem Weg zur Demonstration verhaftet.
Eppelmanns Aktivitäten – zum Beispiel verteilte die Samaritergemeinde eine Informationsschrift mit etwa 500 Exemplaren in der ganzen DDR – und seine mediale Präsenz in den Westmedien riefen scharfe Reaktionen von Partei und Staatssicherheit auf die Kirche hervor. Nur wenn er freiwillig das Land verlasse, werde man ihn nicht verhaften und anklagen, wurde intern gedroht. Eppelmann weigerte sich zu gehen. Zu einem Prozess kam es nicht, jedoch zu offenen Zersetzungsmaßnahmen. So wurden beispielsweise in der Gemeinde Gerüchte über eine angebliche Liebesbeziehung von Eppelmanns Ehefrau verbreitet.
Eppelmanns Kontakte reichten in den 80er Jahren bis in die etablierten Parteien der Bundesrepublik hinein. So nahm er mehrere Male auf Einladung von Stefan Schwarz von der Jungen Union Rheinland-Pfalz an Festen des Bundeskanzlers teil. Außerdem nutzte er einen Kontakt zu Jürgen Schmude von der SPD zu einer Anfrage an den Parteivorstand der bundesdeutschen Sozialdemokraten, wie diese zu einer Neugründung der SPD in der DDR stünde. Er erhielt keine Antwort. Es war letztlich nicht nur Eppelmanns Verankerung in seiner Gemeinde und in der evangelischen Kirche, die SED und Ministerium für Staatssicherheit (MfS) zögern ließen, ihn auszubürgern oder anzuklagen, sondern auch seine Beziehungen zu bundesdeutschen Parteien. In seiner Stasi-Akte fand Eppelmann nach dem Zusammenbruch der DDR die Bemerkung, seine Position sei „auch durch nicht zu unterschätzende politische Rückendeckung und Unterstützung z. T. höchstrangiger Politiker der BRD ... ungleich schwerer zu erschüttern als in der Vergangenheit.“
Die Kontakte, die Eppelmann schützten, wurden von einigen DDR-Oppositionellen kritisch betrachtet. Insbesondere seine Kontakte zur bundesdeutschen CDU galten als suspekt. Die Kritik nahm zu, als er im Herbst 1989 die Gruppe Demokratischer Aufbruch mitgründete, die bei den ersten freien Wahlen in der DDR im März 1990 zusammen mit den anderen Organisationen der Allianz für Deutschland (CDU, DA, DSU) die Mehrheit der Stimmen erhielt, und er dann in der Regierung de Maizière Abrüstungs- und Verteidigungsminister wurde: „Eppelmann treibt uns in die NATO“, hatten zum Beispiel Unbekannte an das Gemeindehaus der Samaritergemeinde gesprüht. Zuvor hatte Eppelmann am Zentralen Runden Tisch mitverhandelt und war in der Regierung Modrow zusammen mit anderen Bürgerrechtlern Minister ohne Geschäftsbereich gewesen.
Nach der Wiedervereinigung war Eppelmann von Oktober 1990 bis September 2005 Abgeordneter der CDU im Deutschen Bundestag. 1992–94 hatte er den Vorsitz der Bundestags-Enquetekommission „Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland“ inne. Auch den Vorsitz der Nachfolgekommission „Überwindung der Folgen der SED-Diktatur im Prozess der deutschen Einheit“ (1994–98) übte er aus. Beide Kommissionen haben die Auseinandersetzung und Beschäftigung mit der kommunistischen Diktatur in Deutschland erheblich vorangetrieben und auch international für große Aufmerksamkeit gesorgt. Eppelmann war überdies 1994–2001 Bundesvorsitzender des CDA (Christlich-Demokratische Arbeitnehmerschaft in der CDU), dessen Ehrenvorsitzender er nach wie vor ist. Seit ihrer Gründung 1998 ist er Vorstandsvorsitzender der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur.