Rainer Eppelmann wurde 1943 in Berlin geboren, sein Vater war Zimmermann, seine Mutter Schneiderin. Der Vater war bis 1945 Mitglied der SS, unter anderem als Kraftfahrer im Konzentrationslager Buchenwald bei Weimar. Nach 1945 fand er eine Ärztin, die ihm seine eintätowierte SS-Kennzeichnung wegoperierte. Eppelmanns Mutter arbeitete bis Kriegsende als Postbeamtin und war NSDAP-Mitglied. Von den Verbrechen des Nationalsozialismus wurde – wie in fast allen deutschen Familien – auch in der Familie Eppelmann nicht gesprochen. So erfuhr Rainer Eppelmann von den Funktionen seines Vaters im Konzentrationslager erst in einem Gespräch mit seiner Mutter in den 90er Jahren. Die Familie war entschieden antikommunistisch eingestellt. Rainer Eppelmann durfte deshalb zum Beispiel nicht Mitglied der Freien Deutschen Jugend (FDJ) werden. Bis August 1961 besuchte er das Johannes-Kepler-Gymnasium in West-Berlin. Mit dem Bau der Mauer lebte die Familie getrennt, sein Vater – der in West-Berlin zur Arbeit ging – kehrte nicht zur Familie zurück.
Für Kinder, die wie Rainer Eppelmann im Westen zur Schule gegangen waren, folgte eine „Zeit der Bewährung“, wie er in seiner Autobiografie schrieb; von einer weiteren Ausbildung waren sie zunächst ausgeschlossen. Eppelmann wurde zunächst Dachdeckerhilfsarbeiter. Nach dem Ende dieser „Strafzeit“ durfte er eine Maurerlehre beginnen. Anschließend gestattete man ihm eine Ausbildung an der Ingenieurschule für Bauwesen. Die dortige ideologisch gefärbte Ausbildung rief jedoch bei Eppelmann Ablehnung hervor. Er verließ die Einrichtung und arbeitete als Maurer. Selten habe er sich in der DDR so frei gefühlt, schrieb er im Rückblick.
Mit Ausnahme der Kommunalwahlen im September 1961, bei denen er demonstrativ mit Nein stimmte, gehörte Eppelmann generell zu den Nichtwählern. Erst in den späten 80er Jahren, als Bürgerrechtler zum Zweck der Aufdeckung von Wahlfälschungen gezielt in die Wahllokale gingen, beteiligte er sich wieder. 1964 verweigerte er den Wehrdienst an der Waffe und wurde Bausoldat, was zu dieser Zeit in der DDR gerade möglich geworden war und eine Ausnahme im gesamten Ostblock darstellte. Da er jedoch zusammen mit einem Freund das Gelöbnis verweigerte, das die Bausoldaten als Angehörige der Nationalen Volksarmee (NVA) ablegen mussten, wurde er zu acht Monaten Haft verurteilt. Eppelmann wollte nie in die Lage geraten, Befehle ausführen zu müssen, die er ablehnte. Er dachte dabei an seinen Vater.
Die Haftzeit in Greifswald, Neustrelitz und Ueckermünde habe ihn nicht gebrochen, denn er habe ja gewusst, weshalb er inhaftiert worden sei, schrieb Eppelmann im Rückblick. Nach Verbüßung der Haft musste er noch den Bausoldatendienst ableisten, das Gelöbnis jedoch nicht sprechen. Als er im Sommer 1967 zurück nach Ost-Berlin kam und seine Geschwister inzwischen durch Vermittlung der protestantischen Kirche im Westen lebten, versuchte er ebenfalls, seine Übersiedelung zu erreichen. Gegen den Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei im August 1968 protestierte er mit einer Eintragung in das Kondolenzbuch der tschechoslowakischen Botschaft.
Da eine gemeinsame Ausreise mit seiner Verlobten und späteren Frau unmöglich war, entschieden sich beide für die DDR. Maurer wollte Eppelmann nicht bleiben und andere Ausbildungswege blieben ihm verschlossen, also entschied er sich zu einer Pfarrerausbildung. Es folgte seine „regierungsfreundlichste Zeit“. 1969 heiratete er und begann im September ein Studium der Theologie an der Predigerschule Paulinum. In der Ausbildung faszinierte ihn die Idee der Theologin Dorothee Sölle: Atheistisch an Gott glauben. Er machte sich dieses Konzept später zum Programm.
Während seiner Ausbildung arbeitete Eppelmann außerdem in der Jungen Gemeinde im Bezirk Hohenschönhausen mit. Als Vater von fünf Kindern schloss er 1975 seine Ausbildung ab und wurde Pfarrer in der Berliner Samaritergemeinde. Gleichzeitig übernahm er die Funktion eines Kreisjugendpfarrers in Berlin-Friedrichshain. Im November 1978 überlebte Eppelmann einen schweren Autounfall nur knapp.
In seiner Funktion als Kreisjugendpfarrer traf Eppelmann monatlich andere Kirchenmitarbeiter aus der Jugendarbeit zum Erfahrungsaustausch. Die Arbeit mit Jugendlichen, die keinen Platz in der Gesellschaft gefunden hatten, war hier ständiges Thema. Als Eppelmann von Bluesmusikern angesprochen wurde, die in seiner Kirche auftreten wollten, erkannte er die Chance und konzipierte mit ihnen zusammen im Sommer 1979 die erste „Bluesmesse“. Rasch entwickelte sich diese Mischform aus Gottesdienst, Konzert, Laientheater und Informationsveranstaltung zu einem Riesenerfolg. Nur an wenigen anderen Orten der DDR wurde so frech gelacht und so offen gesprochen. Die Besucherzahl übertraf bald die der immer besonders gut besuchten Weihnachtsgottesdienste um ein Vielfaches. Aus der ganzen DDR kamen Jugendliche angereist. Die Bluesmessen mussten teilweise dreimal hintereinander durchgeführt werden. Die Organisation der Veranstaltungen und die Austragung von Konflikten mit dem Gemeindekirchenrat und den Leitungen der evangelischen Landeskirchen, die von SED und Staatssicherheit massiv unter Druck gesetzt wurden, damit sie Eppelmanns Arbeit beendeten, verliehen ihm schließlich ein politisches Renommee, das nur wenige ostdeutsche Dissidenten erreichten.
Dies hing nicht zuletzt damit zusammen, dass Eppelmann Ratschläge von Robert Havemann, den er 1980 kennengelernt hatte, beherzigte. Havemann ermunterte ihn zum offensiven Umgang mit Journalisten und Diplomaten aus dem Westen, denn nur so könne er sich selbst schützen und die eigenen Auffassungen in der DDR popularisieren. An Havemanns Beispiel erkannte Eppelmann die Bedeutung von Öffentlichkeit in der Diktatur.
Seit dem ersten Treffen mit Robert Havemann kam es zu regelmäßigen Begegnungen mit ihm und seiner Frau Katja. Sie verabredeten im Sommer 1981, offene Briefe an den sowjetischen Staats- und Parteichef Leonid Breschnew und an Erich Honecker zu schreiben, und formulierten gemeinsam den „Berliner Appell“, um der DDR-Friedensbewegung eine Plattform zu geben. Eppelmann wurde nach Veröffentlichung des Berliner Appells in den bundesdeutschen Medien am 9. Februar 1982 verhaftet. Da er bereits öffentlich bekannt war, bewirkten Proteste seine Freilassung bereits zum 12. Februar. Die Inanspruchnahme der Westmedien für die Popularisierung eigener Anliegen stieß in Eppelmanns Gemeinde wie in der Kirche insgesamt auf heftige Kritik. Am 9. April 1982 starb Robert Havemann. Eppelmann sprach an seinem Grab und betonte dabei das Vorbild Robert Havemanns für die Oppositionellen.