In den 70er Jahren schlossen sich Mitglieder der bessarabiendeutschen Minderheit der nationalen Emigrationsbewegung an. Sie erstellten eine Liste von Ausreisewilligen und demonstrierten für die Ausreiseerlaubnis nach Deutschland. Allerdings gab es nur wenige Aktionen dieser Art. Bekannt wurde beispielsweise eine Demonstration dreier moldauischer Deutscher vor der DDR-Botschaft 1986 in Moskau. Johann Wagner aus Tiraspol wurde 1977, nach drei Jahren erfolglosen Bemühens, das Land verlassen zu dürfen, wegen angeblichen „sozialen Schmarotzertums“ verurteilt. Sein Fall rief ein internationales Echo hervor, auch Andrei Sacharow setzte sich für den Häftling ein. Wagner wurde kurz danach freigelassen und rehabilitiert.
Problematisch waren die Beziehungen zwischen den nationalen Minderheiten der Gagausen und Bulgaren. Die Gagausen forderten territoriale Autonomie innerhalb der Moldauischen Sowjetrepublik. 1958 hatten Vertreter der gagausischen Intelligenz einen Brief an Nikita Chruschtschow gesandt, um zu erreichen, auf moldauischem Gebiet eine autonome gagausisch-bulgarische Republik zu schaffen. Die Behörden beschränkten sich jedoch lediglich darauf, die Entwicklung der gagausischen Kultur zu fördern. So wurden etwa Schulen mit gagausischer Unterrichtssprache eröffnet und Folkloregruppen organisiert. (Erst 1994 erhielten die Gagausen Autonomierechte in der Republik Moldau. Ähnliche Rechte wurden 1999 den Bulgaren im Landkreis Taraclia zugestanden.)
In der Moldauischen Sowjetrepublik herrschte keine einheitliche Konfession vor, allerdings waren Glaubensbekenntnisse weit verbreitet, die in der Sowjetunion verboten waren oder wegen der ihnen unterstellten Kontakte zum Westen diskriminiert wurden. Ständigen Verfolgungen waren Baptisten und Adventisten ausgesetzt. Diese waren aus Behördensicht „religiöse Fanatiker, die sich bewusst illegal betätigen und bereit sind, ohne Murren den Willen ihrer Auftraggeber hauptsächlich aus Übersee zu erfüllen“. Dutzende angeblich „sektiererische“ Gemeinden wurden im Zuge der antireligiösen Kampagne 1958–64 aufgelöst. Die moldauischen Behörden gingen dabei oftmals härter vor als andere Sowjetrepubliken. Gläubige mussten Durchsuchungen sowie Festnahmen über sich ergehen lassen, viele wurden in Gefängnisse und Lager gesperrt. Michail Chorew, Ratsmitglied der Evangeliumschristen-Baptisten, wurde gleich dreimal verurteilt: 1966, 1970 und 1980. Im Jahr 1983 fand der Prozess gegen die Brüder Tomoianu statt, die der „Sekte“ der Innokentij-Anhänger angehörten. Diese waren Anfang des 20. Jahrhunderts vom orthodoxen Mönch Innokentij im Kloster Bielce gegründet worden. Ivan Tomoianu, der auf ein Porträt Leonid Breschnews das Wort „Antichrist“ und auf ein Bild Juri Andropows „Satan“ geschrieben hatte (die Innokentij-Anhänger erkennen keine Staatsmacht an), wurde nach Artikel 70 Strafgesetzbuch der RSFSR für „antisowjetische Agitation und Propaganda“ zur Höchststrafe verurteilt. Nach fast vier Jahren Lagerhaft kam er durch eine von Michail Gorbatschow erlassene Amnestie wieder frei. Auch die Zeugen Jehovas waren Repressionen ausgesetzt.
In den 70er Jahren wurde auch die katholische Gemeinschaft aktiv. Nachdem zuvor unter verschiedenen Vorwänden zahlreiche katholische Kirchen geschlossen worden waren, stand den etwa 20.000 Gläubigen des Landes nur noch eine kleine Kapelle zur Verfügung. Das Tätigkeitsfeld des einzigen katholischen Geistlichen Moldaus, des Pfarrers Władysław Zawalniuk (ein Priester aus Belarus), wurde auf Chișinău beschränkt und es war ihm verboten, auf Russisch oder Polnisch zu predigen. 1975 versuchten die Behörden, ihn zur Armee einzuberufen, obwohl er aus gesundheitlichen Gründen vom Militärdienst freigestellt war. 1979 verbrachte man ihn nach Lettland, wo er kurze Zeit später verhaftet und über anderthalb Jahre in der Psychiatrie festgehalten wurde.
Am 25. November 1977 setzten sich Katholiken vor allem in der Umgebung der Stadt Rașcov gegen die Repressionen zur Wehr und richteten ein Schreiben an Papst Paul VI. mit der Bitte, auf die sowjetischen Behörden Einfluss zu nehmen, um in der Moldauischen Sowjetrepublik die Gewissens- und Religionsfreiheit zu gewährleisten. Diese Petition wurde auch von Mitgliedern des Christlichen Komitees zur Verteidigung der Rechte der Gläubigen in der UdSSR unterstützt, das am 10. Januar 1978 ebenfalls einen Brief an Papst Paul VI. schickte, in dem die katastrophale Situation der moldauischen Katholiken beklagt wurde.
Der Beginn der Perestroika brachte in der Moldauischen Sowjetrepublik zunächst keine entscheidenden Veränderungen. Gheorghe David, der in einem Brief an Michail Gorbatschow seine Kritik an der Situation des Landes zum Ausdruck gebracht hatte, wurde noch 1987 einer medizinischen Zwangsbehandlung unterzogen. Die ersten Demonstrationen fanden erst 1988 statt. Auf ihnen wurden in erster Linie ökonomische Forderungen erhoben. Die Stimmung radikalisierte sich jedoch rasch. Ab Ende 1988 fanden in Chișinău regelmäßig Kundgebungen statt, auf denen die Souveränität des Landes und die Einführung des Moldauischen als Staatssprache gefordert wurden. An diesen Protestdemonstrationen nahmen bis zu 25.000 Menschen teil. Vorbereitet wurden die Kundgebungen unter anderen von Gheorghe Ghimpu, Alexandru Usatiuc und Alexandru Șoltoianu. Diese gründeten 1990 den Verein der Opfer des kommunistischen Okkupationsregimes und der Kriegsveteranen der rumänischen Armee.
Am 20. Mai 1989 fand die Gründungsversammlung der Volksfront Moldaus statt, die in kurzer Zeit einflussreichste Organisation des Landes wurde. Am 10. November 1989 forderten Demonstranten den Rücktritt der Regierung und versuchten, angeführt von Gheorghe Ghimpu, das Gebäude des Innenministeriums zu stürmen. Die Massenproteste führten zum Rücktritt von Simeon Grossu, dem Ersten Sekretär des Zentralkomitees der Kommunistischen Partei Moldaus. Dessen Funktion übernahm Petru Lucinschi, der spätere Präsident der unabhängigen Republik Moldau.
Bei den Wahlen zum Obersten Sowjet 1990 erreichten Demokraten und Nationale die Mehrheit der Sitze. Einige ehemalige politische Häftlinge, darunter auch Gheorghe Ghimpu, wurden ins Parlament gewählt. Kurz darauf benannte sich die Moldauische Sozialistische Sowjetrepublik in Republik Moldau um. Die volle staatliche Unabhängigkeit von der Sowjetunion erlangte sie in Folge des gescheiterten Putschversuches konservativer Kommunisten im August 1991.