Während der Zeit der „Stagnation“ unter Breschnew (1965–82) entwickelte sich die aserbaidschanische Nationalbewegung hauptsächlich im Untergrund. In der Sowjetrepublik gab es einige illegale Organisationen. 1966 wurde die Allgemeine Aserbaidschanische Arbeiter- und Bauernpartei gegründet, die im Februar 1968 in Aserbaidschanische Volks-Demokratische Partei umbenannt wurde und bis 1980 existierte. Ab 1973 gab es die Gruppe „Milliyyət“ (Volk), die von 1976 bis 1980 den Namen National-Demokratischer Bund Aserbaidschans trug. Es ist jedoch nichts über die Aktivitäten und den Einfluss dieser Organisationen bekannt. Anders als in anderen Unionsrepubliken war in aserbaidschanischen Intellektuellenkreisen religiös motivierter Widerstand gegen das System wenig populär, orientierte sich doch die Mehrheit der Bildungseliten an dem säkularisierten Vorbild des türkischen Staates. Nach der islamischen Revolution im Iran, in deren Verlauf die dort beheimateten Aserbaidschaner und ihre Nationalkultur schikaniert wurden, verlor eine religiöse Entwicklungsoption für das Land weiter an Attraktivität.
Spezifisch für die weitere Entwicklung der Opposition in Aserbaidschan war eine Art Koexistenz und Durchdringung von alten despotischen Traditionen und sowjetischem Totalitarismus. Institutionen der Zivilgesellschaft hingegen waren sehr schwach ausgeprägt und fast ausschließlich in den Großstädten vorhanden. Zudem dominierte eine Tradition der mündlichen Überlieferungskultur, so dass der schriftlich fixierte „Samisdat“ nur sehr spärlich vertreten war. Wichtige Orte des Austausches für unabhängig denkende Aserbaidschaner waren dementsprechend Teehäuser und Teestuben. Nicht selten ordnete der KGB die Schließung bestimmter Teehäuser an. Əbülfəz Elçibəy (Abulfas Eltschibei) fasste es folgendermaßen: „Die Geschicke Deutschlands entschieden sich in den zwanziger und dreißiger Jahren in den Bierstuben, im Aserbaidschan der sechziger Jahre diskutierte man in den Teestuben.“ Auch die einzige halbwegs legale Organisation „Ocaq“ (Odschag) war genau genommen ein Diskussionsklub. Sozioökonomische Spannungen und Konflikte im Land wiederum wurden durch bestehende Clanstrukturen im Zusammenspiel mit einer weitverbreiteten Korruption unter Funktionären und Beamten abgemildert. Insgesamt erlangten die Einwohner Aserbaidschans so größere ökonomische Freiheiten, als anderswo in der Sowjetunion üblich.
Hörbar meldeten sich in Aserbaidschan ethnische Minderheiten zu Wort. Forderungen erhob beispielsweise die turk-meschetische Bewegung. Nach der Veröffentlichung der Dekrete des Präsidiums des Obersten Sowjets der UdSSR vom 28. April 1956 (*Dekret von 1956) und vom 31. Oktober 1957, in denen die Ansiedlungsvorschriften für die am Ende des Zweiten Weltkriegs nach Zentralasien deportierten Turk-Mescheten aufgehoben worden waren, erlaubte man ihnen, die Steppenlandschaft im Süden Aserbaidschans (Mugan-Steppe/ Muğan düzü) zu bewirtschaften, wo allerdings besonders widrige klimatische Bedingungen herrschten. Die Mescheten kamen aus ihren einstigen Deportationsgebieten in Zentralasien in die Mugan-Steppe, um hier ihrer angestammten Heimat Meschetien im Süden Georgiens möglichst nahe zu sein. Die sowjetische Staatsführung unterband allerdings die hartnäckigen Bemühungen der Mescheten, in diesen Landstrich zurückzukehren. In Aserbaidschan wurden 1971 die Meschetenführer Enver Odabaşev und Muhlis Niyazov vor Gericht gestellt und verurteilt.
In *Bergkarabach und Nachitschewan fanden unter Jugendlichen Flugblätter armenischer Oppositionsgruppen Verbreitung, in denen zu einem Anschluss dieser Enklaven an Armenien aufgerufen wurde. Die ethnischen Gegensätze kamen 1967 bei Zusammenstößen in Stepanakert (Xankəndi) offen zum Ausbruch. Die Unruhen wurden rasch niedergeschlagen, doch auch in den 70er Jahren kam es in *Bergkarabach vereinzelt zu ethnischen Konflikten. So wurde 1971 eine armenische Jugendgruppe wegen eines Terroranschlags gegen aserbaidschanische Dozenten verurteilt, und in 1973/74 entstand in Stepanakert eine armenische Jugendorganisation, deren Ziel ebenfalls der Anschluss *Bergkarabachs und Nachitschewans an Armenien war.
1969 wurde der aserbaidschanische KGB-Chef Heydər Əliyev (Geidar Alijew) Erster Sekretär des ZK der Kommunistischen Partei Aserbaidschans. Als ein Ziel deklarierte er den Kampf gegen die Korruption und gab damit das Startzeichen für eine großangelegte Verfolgungswelle. Eine Folge war die Auflösung im Untergrund agierender Zirkel an der Aserbaidschanischen Universität Baku, die bis dahin einen zentralen Anlaufpunkt für die oppositionelle Bewegung im Land bildeten. Der Staatsführung gelang außerdem, die nahezu vollständige Ausschaltung der turk-meschetischen Bewegung. Besonders aggressiv war der Kampf des Regimes gegen Baptisten, Subbotniki (eine aus der orthodoxen Kirche hervorgegangene, judaisierende Religionsgruppe) und andere religiöse Gruppen, die allesamt als Propagatoren westlicher Einflüsse diffamiert wurden. In den 70er Jahren fanden in Baku, unter dem Vorwurf, Kinder zum Religionsunterricht zu zwingen, mehrere Gerichtsprozesse gegen Mitglieder dieser als „Sekten“ bezeichneten Gruppen statt. Die unter Əliyev ergriffenen radikalen Maßnahmen machten offene oppositionelle Aktivitäten in Aserbaidschan praktisch unmöglich. Auch Untergrundgruppen und halblegale Zusammenschlüsse mussten ihre Tätigkeit einstellen. Ende der 70er Jahre wunderte sich der stellvertretende KGB-Chef der UdSSR, Wiktor Tschebrikow, laut Aussagen des damaligen aserbaidschanischen KGB-Chefs, Ziya Yusifzade (Zija Jussifsade), warum es in Aserbaidschan keine Dissidenten gab, während ihre Zahl in anderen Landesteilen der Sowjetunion stetig wuchs. Verständlich wird die Verwunderung Tschebrikows bei einem Blick auf die Statistik politisch motivierter Gerichtsurteile in den 60er, 70er und 80er Jahren. Die immer wieder gegen Oppositionelle genutzten Artikel 63 und Artikel 188, Paragraf 1 Strafgesetzbuch der Aserbaidschanischen SSR (entspricht *Artikel 70 und *Artikel 190, Paragraf 1 Strafgesetzbuch der RSFSR), kamen in Aserbaidschan viel seltener zum Einsatz als etwa in der RSFSR, in der Ukraine oder in den baltischen Sowjetrepubliken. In Aserbaidschan wurden auf dieser Grundlage pro Jahr lediglich ein bis zwei Personen, manchmal auch niemand verurteilt. Gleichwohl ist dies nur ein Hinweis auf den Zustand der Opposition in Aserbaidschan, zumal die Nomenklatur des Landes ihre Gründe hatte, die Aufmerksamkeit der Zentrale nicht übermäßig auf sich zu lenken und über bewährte vorbeugende Maßnahmen und auch außergerichtliche Druckmittel verfügte. Auch konnten politisch motivierte Vorwürfe unter anderen, „wirtschaftlichen“ Paragraphen zur Anklage gebracht werden. Insgesamt aber ist davon auszugehen, dass die Dissidentenbewegung in Aserbaidschan im Vergleich zu anderen kaukasischen Sowjetrepubliken wesentlich schwächer war.