Die Religion war ein wichtiger Faktor für die Identitätsbildung der verschiedenen Volksgruppen in Bosnien (Kroaten: katholisch; Bosniaken: islamisch; Serben: orthodox). Besonders schwierig gestaltete sich die Situation für die bosnischen Muslime, die im Unterschied zu Kroaten und Serben keine eigenen Organisationen in ihren „Mutterrepubliken“ hatten, sondern nur eine einzige gesamtnationale Organisation: die Islamische Glaubensgemeinschaft. Für einen Teil der Muslime war der Begriff des „Volkes“ daher westlich geprägt, eine „fremde“ Idee, die gegenüber der religiösen Identifikation zweitrangige Bedeutung besaß.
Die Hauptkraft der antikommunistischen Opposition in Bosnien war die im März 1941 in Sarajevo gegründete, panislamistisch orientierte Vereinigung Junge Muslime (Mladi Muslimani). Ihr Ziel war es, einen Modus Vivendi zwischen notwendiger technischer Modernisierung und der Bewahrung der muslimischen kulturellen Identität zu finden. Nach dem Zweiten Weltkrieg zerschlug der kommunistische Staatssicherheitsdienst die Jungen Muslime. Ihnen wurde vorgworfen, Gegner der neuen Ordnung und insbesondere Gegner der Säkularisierungspolitik unter Marschall Tito zu seien. 1945–50 verurteilten Gerichte in Mostar, Sarajevo, Tuzla und Zenica fünf Aktivisten der Jungen Muslime zum Tode: Mustafa Busuladžić, Hasan Biber, Halid Kajtaz, Nusret Fazlibegović und Omer Stupac. Viele andere erhielten langjährige Zuchthausstrafen.
Zur Wiedergeburt dieser Bewegung kam es während der Liberalisierung in den 70er Jahren. Wichtig in diesem Zusammenhang war der Führer der Islamischen Glaubensgemeinschaft Husein Đozo. Dieser hatte 1970 die Zeitschrift „Preporod“ (Wiedergeburt) gegründet und darin auch Beiträge der Jungen Muslime abgedruckt. Wichtigster Vordenker der Bewegung wurde Alija Izetbegović, der 1970 die Abhandlung „Islamska deklaracija“ (Islamische Deklaration) veröffentlicht hatte, derentwegen er als Nationalist und Antikommunist geschmäht wurde. Auszüge dieser Arbeit erschienen 1972 in der Zeitschrift „Takvim“ (Kalender), die von der Gesellschaft der Ulama (der muslimischen Religionsgelehrten) Bosniens und der Herzegowina herausgegeben wurde. Der vollständige Text gelangte erst 1990 an die Öffentlichkeit. Izetbegović beklagte in der „Islamische Deklaration“ die Stagnation in der muslimischen Bevölkerung und ihre Unterdrückung in der Sowjetunion sowie in westlichen Ländern. Er rief seine Glaubensbrüder zu einer moralischen Erneuerung in allen Bereichen des Lebens auf.
1978 formierte sich in einer der denkmalgeschützten Moscheen Sarajevos, der Tabački-Moschee, ein informeller Diskussionsklub, in dem über politische Themen, insbesondere über die Lage der Muslime in Bosnien und die allgemeine Situation der Anhänger des Islams auf der Welt, diskutiert werden sollte. Spiritus Rector des Klubs war der Imam Hasan Čengić, der auch ein enges Verhältnis zu den Jungen Muslimen pflegte. Der Klub bestand bis 1982, als ihn die neue Führung der Islamischen Glaubensgemeinschaft aus Angst vor einer Verschlechterung der Beziehungen zum Regime schloss. 1983 nahmen Hasan Čengić und vier weitere Vertreter der Jungen Muslime (Edhem Bičakcić, Omar Behmen, Ismet Kasumagić und Husein Živalj) in Teheran an einem Kongress teil, der der Einheit von Sunniten und Schiiten gewidmet war. Dies diente der Staatsmacht als Vorwand zu neuen Angriffen auf die Jungen Muslime, die nun eines angeblichen „muslimischen Nationalismus“ bezichtigt wurden. Noch im selben Jahr wurden 13 führende Vertreter der Jungen Muslime verhaftet und im sogenannten Prozess von Sarajevo (18. Juli bis 19. August 1983) zu Gefängnisstrafen verurteilt. Die Anklagen lauteten auf „Gründung einer konterrevolutionären Organisation“, Verbreitung von Fundamentalismus, Kritik an der Religionspolitik des kommunistischen Jugoslawien gegenüber Bürgern islamischen Glaubens (diese Politik wurde als Diskriminierung wahrgenommen) und illegale Kontaktaufnahme mit dem Iran. Alija Izetbegović wurde zu 14 Jahren Gefängnis verurteilt, Omar Behmen zu 15, Hasan Čengić zu zehn, Edhem Bičakcić zu sieben und Husein Živalj zu sechs Jahren Haft.