Während der Inhaftierung im Gefängnis der ostbosnischen Stadt Foča schrieb Alija Izetbegović das Buch „Islam između Istoka i Zapada“ (Der Islam zwischen Ost und West), in dem er den Status der bosnischen Muslime definierte und den Versuch unternahm, die demokratischen Werte Europas mit der sunnitischen Lehre in Einklang zu bringen. 1988 wurde er aus der Haft entlassen.
Nach dem Tode Titos 1980 prallten innerhalb des Bundes der Kommunisten Jugoslawiens eine zentralistische und eine föderalistische Strömung aufeinander. Der gesellschaftlich-politische Alltag im Jugoslawien der 80er Jahre war von einem erneuten Erstarken nationalistischer Ideen gekennzeichnet, die auch am multiethnischen Bosnien und der dort lebenden serbischen Minderheit nicht spurlos vorübergingen. Einer der Wortführer der Idee eines „Großserbiens“ war der junge, aus Sarajevo stammende Soziologe Vojislav Šešelj, der später die Führung der rechtsextremen Serbischen Radikalen Partei übernahm. 1984 schickte er einen Artikel an die Redaktion der Zeitschrift der kommunistischen Partei „Komunist“, in dem er zu einer Veränderung der Grenzen der jugoslawischen Teilrepubliken aufrief. Die Muslime, so Šešelj, seien kein eigenes Volk, weswegen Bosnien zwischen Serbien und Kroatien aufgeteilt werden solle. Hierfür verurteilte man ihn zunächst zu acht Jahren Haft, bis ihn das Oberste Gericht 1986 freisprach. Im Gefängnis hatte sich Šešelj zur Zusammenarbeit mit der Geheimpolizei bereiterklärt.
Innerhalb der kommunistischen Partei waren oppositionelle Stimmen bereits früher zu hören gewesen, besonders in der ersten Hälfte der 70er Jahre. Mit einer Kritik an taktischen Bündnissen mit den Tschetniks (die für Verbrechen und Massenmorde an der muslimischen Bevölkerung verantwortlich gewesen waren) trat Pašaga Mandžić hervor, ein hoher Funktionär des Parteiapparats in Tuzla. Er wurde dafür aus der Partei ausgeschlossen und starb an den Folgen äußerst brutaler Verhöre. Zur gleichen Zeit kritisierte ein anderer hoher Parteifunktionär, der ehemalige Partisan Avdo Humo, die Entfremdung des Individuums im kommunistischen System. Humo und seine Anhänger wurden deswegen ebenfalls aus der Partei ausgeschlossen.
1990 spielten zwei Jahre zuvor aus der Haft entlassene Junge Muslime mit Alija Izetbegović an der Spitze die entscheidende Rolle bei der Gründung der Partei der Demokratischen Aktion (Stranka demokratske akcije; SDA), einer nationalen Mitte-Rechts-Partei der Bosniaken, also der bosnischen Muslime. Im Sommer 1990 setzten Zerfallserscheinungen im Bund der Kommunisten Bosniens und der Herzegowina ein; an dessen Stelle traten neue Parteien der einzelnen Volksgruppen. Neben der muslimischen Partei der Demokratischen Aktion zählten zu den wichtigsten neu gegründeten Parteien die Serbische Demokratische Partei (Srpska demokratska stranka; SDS) und die Kroatische Demokratische Union (Hrvatska demokratska zajednica; HDZ). Bei den ersten demokratischen Wahlen in Bosnien-Herzegowina Ende 1990 erzielte die Partei der Demokratischen Aktion 87 von 240 Mandaten, die Serbische Demokratische Partei kam auf 71 Sitze, und die Kroatische Demokratische Union entsandte 45 Abgeordnete ins Parlament. Die Zusammensetzung der Volksvertretung orientierte sich damit an der ethnischen Zusammensetzung Bosniens. In das kollektive Staatspräsidium wurden drei Vertreter der einzelnen Volksgruppen gewählt, wobei Alija Izetbegović als Vertreter der zahlenmäßig stärksten Volksgruppe – der muslimischen Bosniaken – zum ersten Staatspräsidenten Bosnien-Herzegowinas erklärt wurde.
Unter dem Eindruck der Ereignisse in den benachbarten Teilrepubliken fand in den ersten Märztagen 1992 auch in Bosnien-Herzegowina ein Referendum statt, in dem sich die überwältigende Mehrheit von 99,4 Prozent der Bürger bei einer Wahlbeteiligung von 63,7 Prozent für den Austritt des Landes aus der jugoslawischen Föderation aussprach. Am 3. März proklamierte das Parlament die Unabhängigkeit des Landes. Im April 1992 wurde der neue Staat Bosnien und Herzegowina von der internationalen Gemeinschaft anerkannt.