In Rostock am 25. März 1941 geboren, legte Gerd Poppe 1958 das Abitur ab. Von seinem Elternhaus – sein Vater war Ingenieur, seine Mutter Sekretärin – wurde er politisch nicht nachhaltig beeinflusst. Allerdings erfuhr er insbesondere durch seine Mutter kulturelle Prägungen, die sich in Poppes vielseitigen Interessen für Literatur, Musik und Film widerspiegeln. Freunde und Wegbegleiter von ihm schätzen seine geradezu frappierenden Kenntnisse der Musik- und Filmgeschichte. 1959 begann er an der Universität Rostock ein Physikstudium, das er 1964 mit Diplom abschloss. Anschließend arbeitete er bis 1976 im Halbleiterwerk in Stahnsdorf am Rande von Berlin.
Unter dem Einfluss der westeuropäischen antiautoritären Studentenproteste und des Prager Frühlings 1968 begann Poppe, sich in oppositionellen Gruppierungen zu engagieren. Er verband dabei von Anfang an seine Aktivitäten in der Kulturopposition mit jenen der politischen Opposition. Einerseits bewegte er sich in alternativen Kulturkreisen und stellte seine Wohnung nonkonformistischen Personen zur Verfügung. Andererseits artikulierte er frühzeitig seinen Protest gegen die kommunistische Diktatur, so zum Beispiel als er am 22. August 1968 in der tschechoslowakischen Botschaft in Berlin eine Protesterklärung gegen den Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei unterzeichnete. Das Ministerium für Staatssicherheit (MfS) teilte dies seiner Arbeitsstelle einige Tage später mit. Poppe wurde seitdem vom MfS systematisch beobachtet und verfolgt – unter anderem in den Operativen Vorgängen (OV) „Monolith“ und „Atelier“ sowie 1976–89 gemeinsam mit seiner damaligen Ehefrau Ulrike Poppe im OV „Zirkel“, der über 30 Bände umfasst. Er war von langjährigen Zersetzungsmaßnahmen, häufigen Zuführungen und Ordnungsstrafen betroffen. Die Staatssicherheit zählte ihn zum kleinen harten Kern unversöhnlicher Feinde des SED-Systems.
1975 ging Poppe als ungedienter Reservist sechs Monate zu den Bausoldaten der Nationalen Volksarmee (NVA), nachdem er den Dienst an der Waffe verweigert hatte. Nach der Ausbürgerung Wolf Biermanns im November 1976 richtete er ein Protestschreiben an Erich Honecker, weswegen ihm eine fest zugesicherte Anstellung an der Akademie der Wissenschaften verweigert und über ihn ein faktisches Berufsverbot verhängt wurde. Er war deshalb 1977–84 als Maschinist in einer Schwimmhalle sowie 1984–89 als Ingenieur im Baubüro des Diakonischen Werkes Berlin tätig.
Die Biermann-Ausbürgerung mit der Folge, dass viele kritische Personen die DDR verließen, und die Diskussionen im Anschluss an die im Westen erfolgte Veröffentlichung des Buches „Die Alternative“ von Rudolf Bahro 1977 verfestigten in Poppe die Meinung, dass politisches Engagement in der DDR nur außerhalb der bestehenden offiziellen Institutionen und Strukturen sinnvoll und die Herstellung einer oppositionellen Gegenöffentlichkeit notwendig sei. In seiner Wohnung in Berlin-Prenzlauer Berg fanden zwischen 1980 und 1983 regelmäßig Lesungen kritischer und zum Teil verbotener Autoren statt. Dieses Veranstaltungsformat hatte in Berlin mit den Lesungen des Dichters Frank-Wolf Matthies bereits eine gewisse Tradition gehabt, und wurde vom Ehepaar Poppe weitergeführt, als Matthies in den Westen ging. Solche Veranstaltungen fanden auch in der Wohnung des Ehepaars Ekkehard und Wilfriede Maaß sowie bei Stephan Bickhardt und Ludwig Mehlhorn statt.
Poppe hatte außerdem zusammen mit seiner Frau Ulrike Poppe und anderen Aktivisten einen Kinderladen in Berlin-Prenzlauer Berg eröffnet. Dies stellte den Versuch dar, die beiden eigenen jüngeren Kinder und die von Freunden der staatlichen Verfügungsgewalt zu entziehen. Der Kinderladen bestand von Anfang 1981 bis zum 14. Dezember 1983, ehe er zerstört und verboten wurde.
Anfang der 70er Jahre hatte Poppe Robert Havemann und Wolf Biermann oder auch Rudi Dutschke persönlich kennen- und schätzen gelernt. Solche Begegnungen und Freundschaften waren nicht nur politisch prägend, sondern zeigten zugleich, dass er mit seinen Überzeugungen nicht allein war. Ab Ende der 70er Jahre begann er, Kontakte nach Ostmitteleuropa aufzubauen und zu intensivieren, etwa zu Mitgliedern der tschechoslowakischen Charta 77 oder zur ungarischen Opposition. Gleichzeitig profilierte er sich ab Anfang der 80er Jahre zu einem maßgeblichen Protagonisten der unabhängigen Friedens- und Menschenrechtsbewegung in der DDR. Seine eigene Politisierung und seine Ablehnung des Systems verstärkten sich in dem Maße, in dem er und seine Familie Repressalien und Zersetzungsmaßnahmen des Staates ausgesetzt waren. Dabei überlagerten sich stets die eigenen Erfahrungen und Anschauungen mit denen der osteuropäischen Opposition und der westlichen Friedensbewegung. Zu beiden Strömungen unterhielt er umfangreiche Kontakte, obwohl seit 1980 über ihn ein totales Reiseverbot verhängt worden war.
Als 1983/84 die unabhängige Friedensbewegung in Ost wie West ihren Zenit bereits überschritten hatte, rückten Fragen der Menschenrechte immer stärker in den Mittelpunkt der Arbeit. Für Poppe war dies mit zwei wichtigen Entscheidungen verbunden: Zum einen sollte auch diese Arbeit blockübergreifend erfolgen, was dazu führte, dass nicht nur mit Nichtregierungsorganisationen oder westdeutschen Oppositionsparteien gesprochen wurde, sondern ebenso mit an der Regierung beteiligten Parteien. Als Poppe 1987 an einem Gespräch mit bundesdeutschen CDU-Politikern in der Wohnung von Ralf Hirsch teilnahm und dies anschließend in der Samisdat-Zeitschrift „Grenzfall“ verteidigte, kam es innerhalb der Oppositionsszene zu harschen Auseinandersetzungen und gegenseitigen Vorwürfen. Zum anderen war Poppe seit 1983/84 ein Vertreter derjenigen, die intensiv und systematisch mit Westmedien zusammenarbeiteten, was ebenfalls Anlass zu scharfen Kontroversen bot: Ein Teil der linken Opposition lehnte dies strikt ab – ohne dies selbst freilich ernsthaft durchhalten zu können. Hinzu kam noch, dass Poppe in eben dieser Zeit bewusst wurde, dass die Opposition das schützende Dach der Kirchen verlassen musste, weil die Kirche zum „Ersatzfeind“ geworden war: Statt Diskussionen über den Zustand des Staates und der Gesellschaft zu führen, absorbierten immer mehr jene Diskussionen Kräfte und Zeit, in denen es um die Klärung des komplizierten Verhältnisses zwischen den oppositionellen Basisgruppen einerseits und den Kirchenleitungen andererseits ging.