Doch Havemann ließ sich nicht mundtot machen und prägte eine neue oppositionelle Handlungsweise. In einem Staat ohne Öffentlichkeit nahm er sich die Freiheit und wurde politischer Publizist, der über westliche Medien Einfluss auf die politischen Verhältnisse zu nehmen und Gehör bei seinen Landsleuten zu finden suchte. Jahre später entwickelten Oppositionelle daraus die Praxis, Publizität im Westen als Schutz vor Verfolgung im Osten zu schaffen. In den 60er und 70er Jahren bildeten sich um Havemann Kreise von Oppositionellen – darunter Schriftsteller und Künstler wie seine Freunde Wolf Biermann und Jürgen Fuchs. Über die Mauer hinweg suchte und fand er den Austausch mit Eurokommunisten und demokratischen Linken im Westen, die ihn unterstützten. Havemann verteidigte die Reformen des Prager Frühlings in der Tschechoslowakei, weil Kommunisten „zum ersten Mal nicht nur mit Worten, sondern in ihren Taten die Ideen des Sozialismus mit der Idee der Freiheit“ verbunden hätten. Seine Söhne Frank und Florian wurden wegen ihrer Proteste gegen den Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei im August 1968 verhaftet.

Nach der Ausbürgerung Wolf Biermanns im November 1976 stellte die SED-Führung Havemann bis Mai 1979 unter Hausarrest. Mit Mut, Fantasie und Hilfe von Freunden aus dem Osten und Westen gelang es ihm, die Isolation seines von der Staatssicherheit scharf bewachten Wohnhauses in Grünheide bei Berlin gelegentlich zu durchbrechen. So gelang es ihm beispielsweise, sich im Februar 1977 in Berlin mit Lucio Lombarde-Radice, einem Mitglied des Zentralkomitees der italienischen Kommunistischen Partei, zu treffen. Im Herbst 1978 war Havemanns Stimme im Westradio zu hören: Er hatte seine Antworten auf Fragen des in West-Berlin lebenden Manfred Wilke auf Tonbandkassetten gesprochen, aus denen, nachdem sie in den Westen geschmuggelt worden waren, das Buch „Ein deutscher Kommunist. Rückblicke und Perspektiven aus der Isolation“ entstand.

Im Mai 1979 hob die Staatsmacht den Hausarrest auf. Gleich darauf wurde Havemann wegen seiner Publikationen im Westen in einem vom MfS konzipierten Gerichtsverfahren zu einer Geldstrafe von 10.000 Mark verurteilt. Dennoch meldete er sich mit „Zehn Thesen zum 30. Jahrestag der DDR“ wieder öffentlich zu Wort, kritisierte die Verschärfung der Strafgesetze und forderte unter anderem die Zulassung einer Opposition in der Volkskammer, Meinungsfreiheit, die Haftentlassung politisch Verurteilter, die Aufhebung der Zensur, ein unabhängiges Presseorgan und die Veröffentlichung seiner Thesen im „Neuen Deutschland“. Viele dieser Forderungen standen beim politischen Aufbruch im Herbst 1989 an erster Stelle.

1980 erschien Havemanns letztes Buch „Morgen. Die Industriegesellschaft am Scheideweg. Kritik und reale Utopie“. Er zog eine schonungslose Bilanz der sozialen Katastrophen und Krisen des 20. Jahrhunderts und legte dar, dass weder moderner Kapitalismus noch realer Sozialismus die globalen Probleme der Menschheit lösen könnten. In seinen letzten Lebensjahren unterstützte er die entstehende unabhängige Friedensbewegung und gab ihr fruchtbare Impulse. In einem Brief vom Juli 1981 forderten Havemann und Rainer Eppelmann Staats- und Parteichef Erich Honecker auf, das gesellschaftliche Leben in der DDR zu entmilitarisieren und sich für eine kernwaffenfreie Zone und für den Abzug aller ausländischen Truppen in Mitteleuropa einzusetzen. Eine Antwort blieb aus.

Am 20. September richtete Havemann einen offenen Brief an den sowjetischen Parteichef Leonid Breschnew. Havemann schlug vor, die Teilung Europas in militärische Blöcke durch Friedens- und Abrüstungsverträge zu überwinden und die beiden deutschen Staaten zu vereinigen, denn „die Teilung Deutschlands ist die Voraussetzung der tödlichsten Bedrohung, die es in Europa jemals gegeben hat“. Der Brief fand als gesamtdeutsche Initiative auch im Westen zahlreiche Mitunterzeichner. Ende 1981 arbeiteten Havemann und Rainer Eppelmann am Text des „Berliner Appells“, der diese Vorschläge erneut aufgriff und sie mit der Forderung nach Demokratie und Entmilitarisierung in der DDR verband. Dieser Appell wurde im Januar 1982 veröffentlicht, wenige Wochen vor Havemanns Tod.

Robert Havemann starb am 9. April 1982 in Grünheide. Trotz des Großaufgebots der Staatssicherheit nahmen mehrere Hundert Menschen von ihm Abschied. Das Haus, in dem er gelebt hatte, wurde auf Initiative seiner Frau Katja am 10. September 1989 zum Gründungsort des Neuen Forums.