In der SBZ und in der frühen DDR wehrten sich in der CDU und LDP begrenzt Teile der Mitgliedschaft jahrelang gegen die kommunistische Hegemonie. Widerstand kam teilweise aus den beiden Kirchen; allerdings ging die Verfolgung der Jungen Gemeinden Anfang der 50er Jahre weniger auf deren Systemopposition, sondern mehr auf die Furcht der SED vor einer unabhängigen geistigen Gegenmacht zurück. Besonders harte Verfolgungen trafen – wie schon während der nationalsozialistischen Diktatur – mit dem Verbot 1950 die Zeugen Jehovas. Wesentliche Träger von Opposition und Widerstand in den 50er Jahren waren Jugendliche, Schüler und Studenten, die sich nach den Erfahrungen des Nationalsozialismus nicht erneut wehrlos einer Diktatur ausgeliefert sehen wollten.
Innerhalb der SED widersetzten sich schon bald nach der Zwangsvereinigung von KPD und SPD ehemalige Sozialdemokraten, die sich sowohl innerhalb der SED als auch außerhalb nicht selten in illegalen Gruppen zusammenschlossen. Ihr Widerstand konnte jedoch trotz verschiedener Wellen innerparteilicher „Säuberungen“ nicht ausgeschaltet werden. Insgesamt wurden zwischen 1948 und 1950 rund 200.000 Sozialdemokraten aus der SED entfernt, mehr als 5.000 inhaftiert und mehrere Hundert verloren in Internierungslagern, ostdeutschen Zuchthäusern und sowjetischen Arbeitslagern ihr Leben.
Die Kontinuität der Opposition in den 50er Jahren wurde vor allem aus zwei Gründen permanent unterhöhlt: Zum einen erwiesen sich die Verfolgungen durch die SED, das Ministerium für Staatssicherheit (MfS) und die sowjetischen Besatzer als ungleich härter und brutaler als nach dem Mauerbau 1961, speziell ab den 70er Jahren. Hohe Zuchthaus- und Gefängnisstrafen für vergleichsweise geringe Vergehen rissen immer wieder Lücken in die Reihen der Oppositionellen. Zum anderen entzogen sich viele einer drohenden oder vermuteten Verhaftung durch Flucht nach Westdeutschland. Das war nach dem 13. August 1961, dem Tag des Mauerbaus, weitaus schwieriger und gefährlicher. Damit endete auch der relativ weit verbreitete fundamentale antikommunistische Widerstand in der DDR. Die Unzufriedenheit mit dem System verdeutlichen am besten die Zahlen der Geflüchteten: Zwischen 1950 und 1961 flohen bei einer durchschnittlichen Bevölkerungszahl von 17 Millionen insgesamt etwa 2,6 Millionen Bürgerinnen und Bürger aus der DDR in die Bundesrepublik. Die Opposition erfuhr durch diesen Flüchtlingsstrom eine permanente Schwächung.
Während bis zum Mauerbau die eindeutige Ablehnung des Regimes überwog und selbst die sozialistische Opposition für ein einheitliches Deutschland eintrat, verlagerte sich nach der Grenzschließung die Opposition zunächst in vorpolitische Felder und Aktionsräume. Obwohl sich die Formen der Repressalien nach 1961 verfeinerten und sich ihrer brachialen Methoden scheinbar entledigten („Zersetzung“ wurde nun die entscheidende Maßnahme, der „lautlose Terror“), nahm die DDR nun viel deutlichere Züge eines Orwellʼschen Überwachungsstaates an als bis 1961. Insgesamt war die politisch bewusste und aktive Opposition in der DDR auf einige Tausend Menschen beschränkt. Gleichwohl saßen permanent Tausende Gefangene in den Gefängnissen und Zuchthäusern, die aus politischen Gründen verurteilt worden waren. Das betraf in der DDR-Geschichte insgesamt mehr als 250.000 Personen.
Die politische Opposition setzte sich bis Mitte 70er Jahre maßgeblich aus zwei Gruppen zusammen: Einmal aus Intellektuellen, die weiterhin der sozialistischen Idee anhingen und zumeist konspirativ wirkten, sodass sie kaum eine Außenwirkung erzielten. Die zweite Gruppe fand sich in der evangelischen Kirche, wo einige kirchliche Würdenträger von protestantischen Standpunkten aus theologische, theoretische und teilweise praktische Opposition gegen die Diktatur betrieben. Die Mehrheit lebte entweder unzufrieden, aber angepasst, oder versuchte ein selbstbestimmtes Leben aufzubauen, das sich gegen die verordneten Normen stellte, ohne sich allerdings politisch zu artikulieren.
In der Zeit zwischen dem Mauerbau und der Ausbürgerung Wolf Biermanns 1976 äußerte sich Opposition zunächst als Kulturopposition. Vor allem in der Jugend setzte ein Rückzug von Staat und Gesellschaft ein. Man wollte seine Geschicke wieder in die eigenen Hände nehmen und die Grenzen der Diktatur ausloten, indem neue Lebensweisen ausprobiert und praktiziert wurden. Unruhen und Demonstrationen im Umkreis von Beat-und Rockveranstaltungen erinnerten an die „Jazz- und Rock’n’Roll-Unruhen“ in den 50er Jahren, wie sie nicht nur in der DDR, sondern auch in den USA oder in der Bundesrepublik auftraten. In Ostdeutschland wurden Jazz- und Rock’n’Roll-Fans jedoch teilweise zu hohen Zuchthausstrafen verurteilt, weil sie – so die offizielle Begründung – dem „amerikanischen Kulturimperialismus“ Vorschub geleistet hätten.
Im Umkreis des Prager Frühlings 1968 kam es in der DDR zu einer Vielzahl von Protestformen. Diese reichten von Befehlsverweigerungen in den bewaffneten Organen über das Verteilen von selbst gefertigten Flugblättern, spontanen Kurzdemonstrationen bis hin zur Weigerung, die geforderten Zustimmungserklärungen zum Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei zu unterschreiben. Knapp 1.200 Personen wurden für ihre Proteste gegen den Einmarsch strafrechtlich belangt, 75 Prozent davon waren unter 30 Jahren alt und über 84 Prozent waren Arbeiter. Tatsächlich zählten im Gegensatz zu den 50er Jahren, als Oberschüler, Studenten und Intellektuelle zu den Aktivposten der Opposition gehörten, nach dem Mauerbau nur noch in Ausnahmefällen Oberschüler oder Studenten zur politischen Opposition. Die politische Selektion und die soziale Korruption funktionierten nun weitaus effizienter.
Es gibt in der DDR-Geschichte eine Reihe von Jahren, die für sich eine besondere historische Stellung reklamieren können. Dazu gehören die Jahre 1953, 1961 und 1989. Aus einer widerstandshistorischen Perspektive muss auch das Jahr 1976 dazu gerechnet werden. Im August 1976 verbrannte sich der protestantische Pfarrer Oskar Brüsewitz aus Protest gegen die SED-Diktatur selbst. Diese Tat erschütterte das Verhältnis zwischen Kirche und Staat. Die Ausbürgerung von Wolf Biermann im November 1976, dem während eines Konzerts in Köln die DDR-Staatsbürgerschaft aberkannt wurde, erwies sich als ein wichtiger Katalysator für die Herausbildung einer neuen Opposition.
Neben der Ausbürgerung und der Selbstverbrennung zählen außenpolitische Ereignisse als weitere Katalysatoren dazu, so die KSZE-Schlussakte von Helsinki 1975, die Gründung der Bürgerrechtsbewegung Charta 77 in der Tschechoslowakei, der Einmarsch der sowjetischen Truppen in Afghanistan 1979, die Solidarność in Polen ab 1980 und die Entwicklung ab Mitte der 80er Jahre in der Sowjetunion und in Ungarn.
Nach der Ausbürgerung Wolf Biermanns formierten sich zwei Richtungen von Kritikern in der DDR: Die „Hierbleiber“ und die ,,Wegzügler“. Während die Vertreter der letzten Gruppe bestrebt waren, so schnell es ging nach Westdeutschland auszureisen, versuchten sich die Vertreter der ersten Gruppe, in der DDR einzurichten und eigene funktionsfähige politische Strukturen aufzubauen. Dieser Weg erwies sich als ungleich schwieriger, gefahrvoller und widersprüchlicher als der zunächst kompliziertere, in den Westen zu gelangen.
In Reaktion auf die zunehmende Militarisierung der Gesellschaft und das weltweite forcierte Wettrüsten ab Ende der 70er Jahre formierten sich in zahlreichen evangelischen Kirchengemeinden Friedenskreise. Mitglieder dieser Gruppen waren auch Personen, die keiner Kirche angehörten. Da sich die Kirchenleitung um ein gutes Verhältnis zur Staatsführung bemühte, war die Beziehung zwischen den Kirchen und den Gruppen nicht immer spannungsfrei. Allerdings wurden die Friedenskreise von einer Reihe kritisch eingestellter Pfarrer, Diakone und kirchlicher Mitarbeiter unterstützt. Von besonderer Bedeutung in den ersten Jahren war die (bis 1989 unerfüllt gebliebene) Forderung nach einem zivilen Ersatzdienst, die vor allem von Bausoldaten und Wehrdienstverweigerern erhoben wurde.
Als größte oppositionelle Massenbewegung nach dem Juni 1953 ging die Protestbewegung „Schwerter zu Pflugscharen“ 1980–82 in die DDR-Geschichte ein. Diese Bewegung überschritt die Grenzen der Kirchen und verschärfte die Konflikte zwischen Kirchenleitung und unabhängigen Gruppen. Ihr Symbol fand diese Bewegung, die gegen Aufrüstung und Militarisierung und für Demokratisierung eintrat, im biblischen Bild vom Schmied, der ein Schwert in eine Pflugschar umschmiedet. Ironischerweise hatte die sowjetische Regierung eben dieses Symbol den Vereinten Nationen als Denkmal geschenkt. In New York vor dem UNO-Hauptquartier steht es noch immer, in den offiziellen DDR-Jugendweihebüchern war es als Foto abgebildet. Als aber dieses Symbol als Aufnäher der unabhängigen Friedensbewegung verteilt wurde und vor allem von – weit über 100.000 – kritisch eingestellten Jugendlichen offen getragen wurde, gingen Parteiführung und Staatssicherheit drastisch dagegen vor und sprachen faktisch ein Verbot dieses weltweiten Friedenssymbols aus.