Vytautas Skuodis wurde 1929 in Chicago geboren. Seine Eltern kehrten mit ihm in den 30er Jahren nach Litauen zurück. 1953 schloss er sein Geologiestudium an der Universität Wilna ab. 1963–67 absolvierte er ein Doktorandenstudium und trat nach der Verteidigung seiner Doktorarbeit 1969 eine Stelle als Dozent an der Fakultät für Naturwissenschaften der Universität Wilna an, wo er bis zu seiner Verhaftung 1980 beschäftigt war.
1975–79 arbeitete er an der Studie „Dvasinis genocidas Lietuvoje“ (Der geistige Genozid in Litauen), in der er antireligiöse Broschüren, Artikel und andere Materialien der Jahre 1940–76 analysierte. Von der Arbeit fertigte er fünf Kopien an.
Skuodis arbeitete mit der illegalen „Chronik der Katholischen Kirche in Litauen“ und mit der unabhängigen Zeitschrift „Aušra“ zusammen. Seine Beiträge veröffentlichte er unter verschiedenen Pseudonymen (L. Apiaušris, V. Darginis, B. Visgirda). Er unterstützte auch die Vervielfältigung und Verbreitung beider Zeitschriften. Ab 1978 war er Redakteur bei der Zeitschrift „Perspektyvos“ und fertigte Schreibmaschinenabschriften zu deren Weiterverbreitung an. Ab 1979 publizierte er unter dem Pseudonym „Aukštaitis“in der Untergrundschrift „Alma Mater“ und arbeitete mit dessen Redakteur Povilas Pečeliūnas zusammen. Unter anderem legten sie (gemeinsam mit ihrem Kollegen Albertas Zvicevičius) die Materialien des während des Zweiten Weltkriegs erschienenen *„Lietuvos Archyvas“ wieder auf.
Am 24. November 1979 wurde Skuodis‘ Wohnung durchsucht. Beschlagnahmt wurden dabei einzelne Ausgaben der Untergrundzeitschriften „Aušra“, „Pastogė“, *„Rūpintojėlis“, das Emigrantenblatt „Logos“, Zusammenfassungen und Textausschnitte aus den Werken von Andrei Sacharow, Alexander Solschenizyn, Tomas Venclova und anderen bekannten Dissidenten sowie Tonbandmitschnitte westlicher Rundfunksendungen.
Nach der Durchsuchung richtete Skuodis am 25. November 1979 eine öffentliche Botschaft an alle Gläubigen in Litauen mit der er erklärte, dass er sich seit dem 24. November 1979 als sechstes Mitglied des Katholischen Komitees zur Verteidigung der Rechte der Gläubigen betrachte und dafür auch mit seiner Unterschrift unter deren Dokumente stehe. Sein Buch „Dvasinis genocidas Lietuvoje“ sehe er ebenfalls als Dokument in diesem Geist. In einem Schreiben an US-Präsident Jimmy Carter vom 28. November bat er, mit Verweis auf seine Geburtsstadt Chicago, um die Unterstützung der USA. Am 29. November 1979 bekundete er in einer an die Unterzeichnerstaaten der KSZE-Schlussakte von Helsinki gerichteten Erklärung, die später in „Aušra“ (20/1980) veröffentlicht wurde, dass er der Litauischen Helsinki-Gruppe beigetreten sei. Am 8. Dezember 1979 wandte er sich schließlich in einem offenen Brief an Leonid Breschnew, in dem er die Verfolgung der politischen Opposition in der UdSSR beklagte; der Text erschien ebenfalls in der Zeitschrift „Aušra“ (21/1980).
Am 9. Januar 1980 wurde Skuodis verhaftet. Während des Prozesses wurde bestätigt, dass Skuodis inzwischen offizielles Mitglied des Katholischen Komitees zur Verteidigung der Rechte der Gläubigen war. Am 22. Dezember 1980 verurteilte ihn das Oberste Gericht der Litauischen SSR nach Artikel 68, Paragraf 1 Strafgesetzbuch der Litauischen SSR (Artikel 70, Paragraf 1 Strafgesetzbuch der RSFSR) zu 7 Jahren Lagerhaft und 5 Jahren Verbannung. Im selben Prozess wurden auch Gintautas Iešmantas und Povilas Pečeliūnas verurteilt. Skuodis war in den mordwinischen Lagern inhaftiert. Während der Haft unterschrieb er verschiedene Protestschreiben politischer Gefangener an internationale Stellen und trat mehrfach in den Hungerstreik.
Das Schicksal von Skuodis beschäftigte unter anderem die US-Administration. Ihren Bemühungen und der sogenannten „Gorbatschow-Amnestie“ im Februar 1987 ist es zu verdanken, dass Skuodis, unter der Auflage, das Land zu verlassen, vorzeitig freikam. Kurze Zeit später reiste er in die USA. Am 8. August 1987 traf er zusammen mit seiner Familie in Chicago ein. In den USA verbrachte er fünf Jahre. Auf Konferenzen und bei politischen Entscheidungsträgern (unter anderem wurde er von US-Präsident Ronald Reagan und Papst Johannes Paul II. empfangen) informierte er über die Lage Litauens und berichtete über die Bemühungen um die nationale Unabhängigkeit des Landes. Zusammen mit anderen ehemaligen politischen Gefangenen gründete er zu diesem Zweck 1988 auch die Organisation „Democracy and Independence“.
1992 kehrte Skuodis nach Litauen zurück und wurde Dozent an der Abteilung für Geologie und Mineralogie der Universität in Wilna. 1994–97 leitete er das Zentrum für Erforschung von Genozid und Widerstand. 1999 wurde er mit dem Orden des Vytis-Kreuzes III. Klasse geehrt. Seine Lehrtätigkeit an der Universität beendete er 2001 und war danach publizistisch tätig.
Vytautas Skuodis starb am 7. Dezember 2016 in Wilna.