1982 gründete Karpiński nicht nur das Comittee in Support of Solidarity in New York mit, das Hilfen für die polnische Opposition organisierte und Bücher über das kommunistische System herausgab, sondern auch das Institut für Demokratie in Osteuropa (Institute for Democracy in Eastern Europe; IDEE). Zudem war er Mitherausgeber der IDEE-Zeitschrift „Uncaptive Minds“.
In der Emigration im Westen beschäftigte sich Karpiński wissenschaftlich mit dem kommunistischen System und der Demokratietheorie. Er gab unter anderem heraus: „Polen, Kommunismus, Opposition“ (Polska, komunizm, opozycja), „Unabhängigkeit von innen“ (Niepodległość od wewnątrz), „Jahresportraits“ (Portety lat; 1989 erschienene Nachkriegsgeschichte Polens), „Bergsteigen im Flachland“ (Taternictwo nizinne; 1988 erschienene polnische Nachkriegsgeschichte aus persönlicher Perspektive). Seine Bücher erschienen mehrfach im polnischen Samisdat.
Karpiński hielt Vorlesungen an der New Yorker State University, der Columbia University und an Universitäten in Paris. Seit 1990 gehörte er dem P.E.N.-Club und dem polnischen Schriftstellerverband an. 1992 wurde er Direktor des Politischen Instituts in Warschau und Redakteur des „Biuletyn Polityczny“ (Politischen Bulletin). 1995–97 war er im Open Media Research Institute in Prag tätig und von 1997 bis zu seinem Lebensende am Institut für Soziologie der Warschauer Universität. Jakub Karpiński starb 2003 in Warschau.