Morawiecki wirkte an der Bildung von Organisationen der Kämpfenden Solidarność in Niederschlesien und in Städten anderer Regionen (Kattowitz, Posen, Rzeszów, Danzig, Warschau, Stettin) mit und war Herausgeber und Redakteur der Zeitschriften „Solidarność Walcząca“ (Kämpfende Solidarność), „Biuletyn Solidarności Walczącej“ (Bulletin der Kämpfenden Solidarność) und „Biuletyn Dolnośląski“. Er betreute die Arbeit zahlreicher Untergrunddruckereien und des Radiosenders der Kämpfenden Solidarność. 1986/87 initiierte er den Transport unabhängiger Literatur von London in die Ukraine und koordinierte die Beschaffung von Druck- und Radiotechnik aus Deutschland.
Am 9. November 1987 wurde er gemeinsam mit Hanna Łukowska-Karniej aus der Kämpfenden Solidarność in Breslau verhaftet und nach Warschau ins Gefängnis gebracht. Der Vorwurf: Schmuggel und Fälschung von Personaldokumenten. Die Breslauer Opposition – beteiligt war auch Władysław Frasyniuk – organisierte verschiedene Aktionen für seine Freilassung. Am 12. April 1988 schrieb Morawiecki einen Brief an General Wojciech Jaruzelski und protestierte gegen die Kriminalisierung seiner Handlungen. Am 30. April 1988 wurde er gemeinsam mit dem vermutlich krebskranken Vorsitzenden der Kämpfenden Solidarność aus der Dreistadt, Andrzej Kołodziej, gezwungen Polen zu verlassen. Am 4. Mai versuchte er, wieder in seine Heimat einzureisen, wurde aber auf dem Warschauer Flughafen Okęcie gewaltsam zurück in das Flugzeug gebracht und nach Wien geflogen. Von dort aus ging er in die USA, konnte jedoch dank der Unterstützung von Freunden im August 1988 illegal nach Polen zurückkehren.
Morawiecki war gegen Kompromisse mit den kommunistischen Machthabern und lehnte die Verhandlungen am Runden Tisch ab. Die getroffenen Übereinkünfte mit der Polnischen Vereinigten Arbeiterpartei betrachtete er als den Beginn der Anerkennung der kommunistischen Nomenklatur und der Enteignung des Gesellschaftsvermögens durch die Kommunisten und durch einen Teil der Opposition. Er protestierte gegen die Kandidatur General Jaruzelskis für das Amt des Staatspräsidenten.
Erst 1990 beendete Morawiecki seine Untergrundtätigkeit. Im Juli gründete er die Freiheitspartei (Partia Wolności) als Fortsetzung der Ideen der Kämpfenden Solidarność. Er forderte, ehemaligen Parteifunktionären für zehn Jahre das Recht zu entziehen, zum Sejm oder den Selbstverwaltungsorganen zu kandidieren oder leitende Funktionen auszuüben. Seit 1991 lehrte Morawiecki am Breslauer Polytechnikum. Im selben Jahr gelang es ihm nicht, für die Präsidentschaftswahlen zugelassen zu werden, da er nicht die dafür erforderlichen 100.000 Unterschriften zusammenbringen konnte. Vor den Parlamentswahlen 1993 ging seine Freiheitspartei in der Bewegung für die Republik (Ruch dla Rzeczpospolitej; RdR) auf, Morawiecki errang jedoch genauso wenig ein Abgeordnetenmandat wie in den Parlamentswahlen 1997, als er für die Bewegung zum Aufbau Polens (Ruch Odbudowy Polski; ROP) kandidierte und 2007, als er als parteiloser Kandidat auf der Liste der Partei „Recht und Gerechtigkeit“ (Prawo i Sprawiedliwość; PiS) antrat. Bei den Präsidentenwahlen 2010 kam Morawiecki auf den letzten Platz. Auch in den Wahlen zum Niederschlesischen Sejm 2010 und den Senatswahlen 2011 blieb er erfolglos, wurde jedoch Chefredakteur des Magazins „Prawda jest ciekawa – Gazeta Obywatelska“ (Die Wahrheit ist interessant – Bürgerzeitung). Bei den Parlamentswahlen 2015 errang Kornel Morawiecki über die Liste der kurz zuvor gegründeten Wahlverbindung „Kukiz‘15“ des Rocksängers Paweł Kukiz einen Sitz im Sejm, wo er zu einem der Alterspräsidenten ernannt wurde. Im April 2016 verließ er nach einem Konfliktdie Fraktion „Kukiz‘15“ und gründete im Herbst 2016 die Partei „Die Freien und Solidarischen" (Wolni i Solidarni, WiS), deren Vorsitzender er war.
Kornel Morawieczki starb am 30. September 2019 in Warschau.