In den zwei Streikwellen 1988 in Polen sah er eine Bestätigung seiner Prognosen. Daher kritisierte er auch die Vereinbarungen am Runden Tisch, indem er argumentierte, die am Rande des Abgrunds stehende Parteiführung ziehe aus diesen Vereinbarungen wesentlich mehr Nutzen als die Opposition. Im Gegensatz zu radikaleren Kräften der Opposition boykottierte die Konföderation Unabhängiges Polen die „halbfreien“ Parlamentswahlen im Juni 1989 jedoch nicht, sondern stellte eigene Kandidaten auf. Moczulski kandidierte in Krakau, verlor jedoch die Abstimmung gegen den Vertreter des Bürgerkomitees (Komitet Obywatelski) Jan Rokita. 1990 kandidierte er ohne Erfolg für das Amt des polnischen Staatspräsidenten. Mit einem Stimmenanteil von 2,5 Prozent belegte er Platz sechs.

In das polnische Parlament (Sejm) zog er erst nach dem Ende der Diktatur 1991 ein und blieb zwei Legislaturperioden lang Abgeordneter. 1993–97 hatte er den Vorsitz im Sejm-Ausschuss für die Kontakte mit den Auslandspolen inne, 1992–96 war er zusätzlich Abgeordneter der Parlamentarischen Versammlung des Europarates. 1995 promovierte er auf dem Gebiet der internationalen politischen Beziehungen.

Das für die Überprüfungen öffentlicher Ämter zuständige polnische Lustrationsgericht urteilte im April 2005, dass Moczulski verschwiegen habe, 1969–77 wissentlich mit der kommunistischen Staatssicherheit (als IM „Lech“) zusammengearbeitet zu haben und damit als „Lustrationslügner“ zu gelten habe. In diversen Gerichtsverfahren, die bis vor den Obersten Gerichtshof für Menschenrechte in Straßburg führten, versuchte Moczulski erfolglos das Gegenteil zu beweisen. Die Lustrationsverfahren dauern bis heute an.