Ziembiński war mitprägend für die programmatische Ausrichtung von ROPCiO. Neben ideellem und politischem Pluralismus forderte die Gruppe auch die Pluralisierung der Opposition. Ziembiński gehörte dem Finanzrat an, der die Oberaufsicht über den ROPCiO-Sozialfonds ausübte. Nach der Spaltung von ROPCiO gehörte er dem Präsidium des Unterzeichnerrates (Prezydium Rady Sygnitariuszy) an, dessen Vorsitz Andrzej Czuma innehatte. Auf Initiative Ziembińskis formiert sich in Warschau das Komitee für die Selbstbestimmung des Volkes (Komitet Porozumienia na rzecz Samostanowienia Narodu; KPSN), eine Organisation, die sich insbesondere der Unabhängigkeit verpflichtet fühlte.
In der ROPCiO-Presse und in der Zeitschrift „Rzeczpospolita“ des Komitees für die Selbstbestimmung des Volkes (die Ziembiński selbst herausgab) schrieb er hauptsächlich über nationale Traditionen, rief die herrschenden Kommunisten zur Respektierung der Rechte der katholischen Kirche auf und forderte die Etablierung freier Gewerkschaften.
Am 11. November 1979 organisierte Ziembińki in Warschau gemeinsam mit Andrzej Czuma, Józef Janowski und Bronisław Komorowski eine patriotische Kundgebung. Daraufhin wurde er wegen „demonstrativer Zurschaustellung der Missachtung höchster nationaler Werte und Interessen“ zu drei Monaten Arrest verurteilt.
Während der Auguststreiks 1980 setzte sich Ziembiński für die politischen Gefangenen ein. Am 9. Mai 1981 organisierte er als Mitarbeiter der Landesverständigungskommission (Krajowa Komisja Porozumiewawcza; KKP) der Solidarność den Ersten Kongress des Komitees zur Verteidigung Politischer Gefangener. Gemeinsam mit Antoni Macierewicz gründete er am 27. September 1981 die sogenannten Klubs für den Dienst an der Unabhängigkeit (Kluby Służby Niepodległości; KSN). Am 11. November 1981 führte er eine Unabhängigkeitskundgebung am Warschauer Grabmal des Unbekannten Soldaten an und veranstaltete am selben Tag die wissenschaftliche Tagung „Ku niepodległości“ (In Richtung Unabhängigkeit). Am 29. November 1981 fand eine von Ziembiński organisierte offene KSN-Zusammenkunft statt, auf der Änderungen in der Wahlordnung und freie Parlamentswahlen diskutiert wurden.
Nach der Ausrufung des Kriegsrechts wurde Ziembiński per Haftbefehl gesucht und schließlich im April 1982 festgenommen. Nach sieben Monaten kam er jedoch aufgrund seines schlechten Gesundheitszustandes wieder auf freien Fuß. Im Untergrund war er Initiator und führender Kopf der Gruppierung „Kongress der Nationalen Solidarität“ (Kongres Solidarności Narodu), für die er auch die Zeitschriften „Solidarność Narodu“ und „Polska Jutra“ (Polen von morgen) herausgab. Die Gruppierung wurde am 31. Dezember 1989 in die Partei der Republiktreue KSN (Stronnictwo Wierności Rzeczypospolitej) umgestaltet. Während medizinisch begründeter Auslandsaufenthalte hatte Ziembiński außerdem die Gründung der Organisation „Kongress für Ostmitteleuropa“ (Kongres Europy Środkowo-Wschodniej) am 16./17. Juni 1988 in Paris initiiert.
Wie bereits in früheren Jahren widmete sich Ziembiński auch weiterhin der Pflege des nationalen Gedächtnisses. 1984 stiftete er in der St.-Karl-Borromäus-Kirche in Warschau-Powązki das Kreuz „Für die im Osten Gefallenen“. Gemeinsam mit Pfarrer Stefan Niedziałek ergriff er die Initiative zum Bau eines Sanktuariums für die im Osten Gefallenen und Ermordeten. Krönung seines Engagements war am 17. September 1995 in Warschau die Einweihung des Denkmals für die im Osten Gefallenen und Ermordeten.
1989 gehörte Ziembiński zu denjenigen, die die Vereinbarungen am Runden Tisch und die im Juni stattfindenden halbfreien Parlamentswahlen negativ beurteilten und kritisierten.
Ziembiński war Mitglied des New Yorker Józef Piłsudski Institute of America for Research in the Modern History of Poland, Initiator und Vorsitzender des Stiftungsrates für die im Osten Gefallenen und Ermordeten sowie 1989 einer der Gründer des Komitees zur Historischen Erforschung des Massakers von Katyń. Nach dem Ende des Kommunismus in Polen gründete er 1991 die Katyń-Stiftung mit, deren Stiftungsrat er 1993–2000 leitete. 1995 gehörte Ziembiński zu den Gründern des Polnisch-Tschetschenischen Komitees und engagierte sich 1995–97 in der Bewegung zum Wiederaufbau Polens (Ruch Odbudowy Polski; ROP).
Wojciech Ziembiński starb am 13. Januar 2001 in Warschau.