In der Anfangszeit der deutschen Besatzung begrüßten weite Teile der litauischen Bevölkerung die neuen Machthaber als Befreier vom sowjetischen Terror. Dies sollte sich jedoch bald ändern, denn auch in der neuen Konstellation wurden geringste Anzeichen von Illoyalität jetzt drakonisch bestraft und führten zu Geiselnahme, Erschießungen oder den Abtransport in Konzentrations- und Vernichtungslager. Besonders tragisch war das Schicksal der litauischen Juden, von denen fast 95 Prozent ermordet wurden. Daran beteiligt war auch die mit den deutschen Besatzern kooperierende litauische Hilfspolizei, deren Mitglieder sich teilweise aus ehemaligen LAF-Einheiten und anderen Einheiten des antisowjetischen Aufstands rekrutierten.
Nach der enttäuschten Hoffnung, mit dem Vormarsch der deutschen Wehrmacht, würde Litauen seine Unabhängigkeit wiedererlangen, stellte sich die litauische Nationalbewegung gegen das NS-Regime. Insbesondere in den Jahren 1943 und 1944 wurden viele litauische Untergrundkämpfer von den deutschen Besatzern verhaftet. Im Untergrund formierte sich 1942 die Litauische Freiheitsarmee, die großen Zulauf hatte und über eigene Druckereien und einen Radiosender verfügte. Die im Land kursierenden Druckerzeugnisse und Zeitungen (im Zeitraum 1941–44 gab es in Litauen 21 Untergrundschriften) und Rundfunksendungen hatten großen Einfluss. Am 25. November 1943 gründete sich das Oberste Komitee zur Befreiung Litauens, das fortan die staatlichen Belange des besetzten Litauens vertrat. In ihm waren verschiedene Parteien und politische Gruppierungen vertreten. In einer am 16. Februar 1944 veröffentlichten Erklärung wurde als Ziel die Wiederherstellung eines unabhängigen, demokratischen Staates formuliert. (Das Komitee war im US-amerikanischen Exil bis 1990 aktiv.)
Gegen Ende der deutschen Besatzung formierten sich im Untergrund verstärkt Einheiten, die später zur Keimzelle des bewaffneten Widerstands gegen das Sowjetregime wurden. Als die Rote Armee im Sommer 1944 erneut Litauen besetzte, war das der Beginn eines zehn Jahre währenden Partisanenkrieges (Waldbrüder). Dieser ging mit zum Teil drastischen Repressionen der sowjetischen Machthaber gegenüber der Zivilbevölkerung einher. Ende der 40er Jahre folgte eine weitere Welle von Deportationen. Die Erinnerung an den Partisanenkrieg blieb prägend für die spätere litauische Widerstandsbewegung, darunter auch für die Dissidentenbewegung und die darauffolgende Zeit des politischen Kampfes um die Wiedererlangung der Unabhängigkeit in der zweiten Hälfte der 80er Jahre.
Nach der endgültigen Niederschlagung der Partisanenbewegung 1955 und einhergehend mit der Schwächung des Regimes nach Stalins Tod (und dem Ende von Massenverhaftungen, und Massendeportationen) rückten in Litauen friedliche Formen des Widerstand gegen das Sowjetregime und gegen die von ihm verordneten gesellschaftlichen, kulturellen und religiösen Normen an die Stelle des bewaffneten Kampfes. Ihre Stärke bezog die Opposition des Landes aus dem Wunsch der Litauer nach Bewahrung der eigenen nationalen Identität sowie aus der unabhängigen Stellung der katholischen Kirche in Litauen. Es waren insbesondere die Erfahrungen der Menschenrechtler in Russland, die die Oppositionellen in anderen Sowjetrepubliken dazu bewogen, mit ihrer Oppositionsarbeit an die Öffentlichkeit zu gehen. So auch in Litauen: Initiativen wie die „Chronik der Katholischen Kirche in Litauen“, die Litauische Helsinki-Gruppe oder das Katholische Komitee zur Verteidigung der Rechte der Gläubigen orientierten sich in Form und Charakter an den Aktivitäten der russischen Dissidenten. Obgleich die Bewahrung der nationalen Identität, die einen zentralen Aspekt der litauischen Oppositionsarbeit bildete, den russischen liberalen Intellektuellen fremd blieb, entwickelte sich die Zusammenarbeit, die in den Kontakten russischer und litauischer politischer Häftlinge in sowjetischen Lagern und Gefängnissen ihren Anfang nahm, ab 1972 systematisch. Auch die unterschiedliche ideologische Orientierung der verschiedenen Strömungen innerhalb der litauischen Oppositionsbewegung, die besonders in den 70er Jahren spürbar war, spaltete diese nicht: Die Wiedererlangung der staatlichen Souveränität des Landes war, ob offen deklariert oder stillschweigend verfolgt, ein gemeinsames Ziel und ließ alle Diskussionen über das zukünftige politische und wirtschaftliche System Litauens in den Hintergrund treten.
Bei der Herausbildung von Protestformen in Litauen im Zeitraum 1954–87 lassen sich drei Phasen unterscheiden: Von 1954 bis 1965 waren Untergrundgruppen und -organisationen aktiv, zu Allerseelen fanden Großdemonstrationen statt und im Geheimen wurde religiöse Literatur verbreitet. In der zweiten Phase ab 1966 entstanden Untergrundverlage, verstärkt wurde verbotene Literatur vervielfältigt und in Umlauf gebracht. Es gab kollektive und individuelle Proteste von Gläubigen und Priestern im Kampf um Religionsfreiheit. Heimatkundliche Organisationen waren halblegal aktiv. Von 1976 bis 1987 suchten dissidentische Bewegungen zunehmend die Öffentlichkeit. Es bildeten sich Organisationsstrukturen im Kampf für Menschen- und Bürgerrechte heraus und neue Untergrundzeitschriften kursierten. Die Entwicklung war stark von der Innenpolitik der UdSSR beeinflusst, aber auch internationale Ereignisse wie die Ungarische Revolution von 1956, der Einmarsch von Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei 1968, die Unterzeichnung der Schlussakte von Helsinki 1975 sowie die Ereignisse in Polen 1980/81 (Solidarność) waren prägend.
Nach der Zerschlagung der litauischen Partisanenbewegung ging es also vor allem um die Abkehr von gewaltsamen Aktionen und eine Neuorientierung auf die Arbeit im Untergrund. Intellektuelle Kreise, denen an der Bewahrung der nationalen Identität Litauens lag und die sich deshalb gegen die Wandlungsprozesse infolge der Zuwanderung russischsprachiger Fachkräfte aus anderen Landesteilen der Sowjetunion stellten, wählten die Form des passiven Widerstands: Den sowjetischen Lebensstil lehnten sie ab und pflegten stattdessen die katholische Religion und traditionelle nationale Werte. Sogar außerhalb des Landes wurden diese Ziele verfolgt: So riefen Studierende aus Estland, Lettland und Litauen 1956 in Moskau den Klub Balticum ins Leben. Der Klub konzentrierte sich zunächst auf Folklore- und Volkstanz, entwickelte aber schon bald zu einem Diskussionsforum, das schnell die Aufmerksamkeit des KGB auf sich zog. Als einige seiner aktivsten Mitglieder 1959 nach Litauen zurückkehrten, nahmen auch die Aktivitäten des Klubs ab, bis Romualdas Grigas 1962 für eine Wiederbelebung sorgte und das Tätigkeitsspektrum noch erweiterte. Inoffiziell verfolgte der Klub das Ziel, gut ausgebildete Leute für die nationale Arbeit in Litauen, Lettland und Estland zu gewinnen, um dann, wenn sie Führungspositionen in ihren Republiken besetzten, Einfluss auf die gesellschaftlichen Entwicklungen zu nehmen. Der Klub Balticum gab eine eigene, gleichnamige Zeitschrift heraus. 1965 sorgten KGB und Behörden dafür, dass der Klub seine Tätigkeit einstellen musste.