In Litauen selbst waren illegale Jugendgruppen die häufigste Widerstandsform nach 1954. Ihr Hauptanliegen war es, in der litauischen Gesellschaft das Bewusstsein für die als Okkupation empfundene Zugehörigkeit des Landes zur Sowjetunion wachzuhalten und sich dem drohenden Verlust der nationalen Identität zu widersetzen. Ihre Mitglieder verteilten antisowjetische Flugblätter, hängten zu nationalen Feiertagen die traditionelle litauische Trikolore aus dem Fenster und zerstörten sowjetische Partei- und Staatssymbole. Bis Mitte der 60er Jahre deckte der KGB 149 Untergrundgruppen auf. Von diesen hatten nur die wenigsten ein politisches Programm, brachten eigene Blätter heraus oder betätigten sich anderweitig im kulturellen oder Bildungsbereich. Normalerweise gerieten sie schon bald nach der ersten Veröffentlichung oder Flugblattaktion ins Visier des KGB. Andere hielten drei oder vier Jahre durch und konnten mehrere Nummern einer Zeitschrift herausgeben. Die führenden Köpfe und Aktivisten wurden strafrechtlich verfolgt (unter immer ähnlichen Anschuldigungen wurden insgesamt 125 Personen verhaftet). Bei Gruppen ohne erkennbares Programm, die nur sporadisch in Erscheinung traten, beschränkte sich der Staat in der Regel auf „vorbeugende“ Maßnahmen. Bis Ende der 60er Jahre wurde mehr als 4.000 jungen Leute mit strafrechtlichen Konsequenzen gedroht, ihr Tun wurde auf Versammlungen und in der Presse verurteilt, sie wurden zwangsexmatrikuliert und zu öffentlicher Selbstkritik gezwungen.
Unter den vom KGB in den Jahren 1954–67 aufgedeckten Gruppen gab es ein gutes Dutzend mit einem politischen Programm, die von wenigen Ausnahmen abgesehen national-patriotische Ziele verfolgten. Dazu gehörten auch einige von Schülern gegründete Organisationen, wie die Gruppen Freiheitskampf (Kaunas, 1953–54), Junge Rächer (Ignalina, 1954–55), Freies Litauen (Wilna 1958–61) oder Freiheit für Litauen (Pandėlys bei Rokiškis, 1955). Diese Gruppe agierte später auch an verschiedenen Hochschulen des Landes bis sie 1958 nach Aktionen in Kaunas und Wilna aufflog und aufgelöst wurde. Die dann in den mordwinischen Lagern inhaftierten Mitglieder der letztgenannten Gruppe versuchten, eine von ihnen erstellte Liste mit den Namen von Frauen, die aus politischen Gründen verurteilt worden waren, über einen entlassenen russischen Mitgefangenen der UNO zukommen zu lassen. Obwohl die Übergabe vom KGB vereitelt wurde, kann diese Aktion nicht nur als einer der ersten Versuche betrachtet werden, die Öffentlichkeit zu nutzen, um für die Rechte politischer Gefangener einzutreten, sondern auch als ein früher Akt der transnationalen Solidarität der Häftlinge untereinander. Darüber hinaus gab es einige wenige Organisationen mit linker Orientierung, wie eine 1961 entdeckte Gruppe mit national-kommunistischen Zielen und der Absicht, eine „leninistisch-revisionistische“ Partei zu gründen, die 1963 an der Universität Wilna aktive Untergrundorganisation „Solidarität Litauischer Positivisten“ (Lietuvos pozityvistų solidarumas) oder die 1966–67 in Kaunas agierende Gruppe „Vereinigter Untergrund der Sozialdemokraten Europas“ (Europos socialdemokratų vieningas pogrindis), die die Zeitung „Vyčio Balsas“ (Stimme des Vytis) herausgab. Andere Untergrundgruppen konzentrierten sich auf den Bildungs- und Kulturbereich und verbreiteten insbesondere litauische Literatur, die in der Vorkriegszeit oder der Emigration erschienen war. Dazu gehörten Prosawerke und Lyrik (unter anderem von Kazys Baruta, Bernardas Brazdžionis und Jurgis Baltrušaitis), Bücher und Aufsätze zu historischen Themen (vor allem das Werk „Historie Šapokas“) und zu religionsphilosophischen Fragen, darunter das Werk „Abriss der Kulturphilosophie“ (Kultūro s filosofijos mentmenys) von Stasys Šalkauskis oder „Der große Inquisitor“ (Didysis inkvisitorius) und „Religionsphilosophie“ (Religijos filosofija) von Antanas Maceina. Auch eigene Lyrik, Partisanengedichte und Lieder wurden in Umlauf gebracht.
Eine Organisation, die sich fast 20 Jahre im Untergrund behaupten konnte, war der Bund der Freiheitskämpfer Litauens (Lietuvos laisvės gynėjų sąjunga), an dessen Spitze der Lehrer Petras Paulaitis stand. Die 1942 in Jurbarkas gegründete Organisation wurde schon bald zu einem Zentrum des Widerstands gegen die deutsche Besatzung. Nach der Vertreibung der deutschen Truppen schlossen sich die verbliebenen Mitglieder der Organisation dem bewaffneten Widerstand gegen die sowjetischen Machthaber an, was fast alle mit ihrem Leben bezahlten. Paulaitis selbst wurde 1947 verhaftet und verbrachte anschließend neun Jahre in stalinistischen Straflagern. Nach seiner Rückkehr nach Litauen betätigte er sich wieder im Untergrund, wurde 1957 erneut verhaftet und zu 25 Jahren Lagerhaft verurteilt. Er kam in die mordwinischen Lager und gründete im dortigen DubrawLag einen neuen Bund der Freiheitskämpfer Litauens, der sich vor allem der Unterstützung junger litauischer politischer Gefangener verschrieb. Der Bund förderte ihre Ausbildung, vermittelte ihnen die Ziele der litauischen patriotischen Bewegung und unterstützte sie auch materiell. Gemeinsam mit Häftlingen anderer Nationalitäten wurden Protestaktionen organisiert. Der KGB versuchte Paulaitis von seinen Landsleuten zu isolieren. Mehrfach kam er über längere Zeit in verschärften und besonderen Vollzug. 1982 wurde Paulaitis aus der Lagerhaft entlassen. Insgesamt hatte er damit fast ununterbrochen mehr als 35 Jahre in sowjetischen Lagern verbracht. Die verschiedenen im Untergrund agierenden Gruppierungen und Organisationen hielten den Bürgersinn der litauischen Gesellschaft wach und nährten die Hoffnung auf Freiheit. Viele, die hier als junge Menschen Erfahrungen in konspirativer Arbeit gesammelt hatten, brachten sie dann später in die Menschenrechtsarbeit und die illegale Verlagsarbeit ein. So gingen aus der 1957 in Wilna verurteilten Angehörigen der sogenannten „Gruppe der 11“ (Intellektuelle, denen die Mitgliedschaft der im Untergrund agierenden Nationalfront zur Last gelegt wurde) später so prominente Dissidenten wie Viktoras Petkus, Antanas Terleckas und Albertas Žilinskas hervor.
Der Widerstand der Litauer in jener Zeit erschöpfte sich jedoch nicht nur in der Untergrundarbeit der Jugend. Ab Mitte der 50er Jahre wurden patriotische Haltungen auch öffentlich gezeigt, zum Beispiel anlässlich traditioneller litauischer Gedenk- und Jahrestage. So wurde Allerseelen in der Sowjetzeit erstmals 1954 öffentlich begangen. 1956 kam es an diesem Tag in Wilna und Kaunas zu großen Demonstrationen gegen das Sowjetregime, bei denen auch die politischen Ereignisse in Polen (Posener Aufstand) und Ungarn (Ungarische Revolution) thematisiert wurden. In beiden Städten führten Demonstrationszüge mit vielen Teilnehmern vom Friedhof ins Stadtzentrum, begleitet von Losungen wie „Freiheit für Litauen!“ und „Es lebe Ungarn!“. In Kaunas versammelten sich außerdem Studenten an den Gräbern der 1918 und 1919 im Kampf für die Unabhängigkeit Gefallenen und zeigten dabei die litauische Trikolore. Ein Jahr später fanden ähnliche Demonstrationen statt, obwohl der KGB (unter Androhung von Schulverweisen und Exmatrikulationen sowie kurzfristigen Festnahmen von Demonstrationsteilnehmern unter dem Vorwurf des „Rowdytums“) nach Kräften versuchte, sie zu verhindern. Ende der 70er Jahre, gab es dann auch an anderen Orten Litauens Großkundgebungen zu Allerseelen.