Am 25. März 1980 wurde er beschuldigt, ein Vervielfältigungsgerät gestohlen zu haben, und verhaftet. Tatsächlich hatte er nur einen zur Verschrottung vorgesehenen Kopierer gekauft. (Unter dem gleichen Vorwurf inhaftierte man auch Bogdan Grzesiak, einen der Drucker von NOWA.) Chojecki trat für 33 Tage in den Hungerstreik. Er wurde zwangsernährt. Am 10. Mai ließ man ihn unter dem Eindruck breiter Solidaritätsaktionen im In- und Ausland und eines Hungerstreiks für die Freilassung der politischen Gefangenen in der Krzysztof-Kirche von Podkowa Leśna wieder auf freien Fuß. Im Juni wurde er dann jedoch zu anderthalb Jahren Gefängnis auf Bewährung und zu einer Geldstrafe verurteilt. Während Chojeckis Haftzeit übernahm Grzegorz Boguta die Führung von NOWA.

Für den Streik auf der Danziger Lenin-Werft 1980 organisierte Chojecki zusammen mit Konrad Bieliński, Jan Narożniak, Zenon Pałka und Mariusz Wilk die Drucktechnik. Am 23. August wurde er erneut verhaftet, nach der Unterzeichnung der Danziger Vereinbarung jedoch wieder freigelassen.

Chojecki war zwar kein Mitglied der Solidarność, er wurde aber vom Solidarność-Vorstand des Bezirks Masowien als Berater für Verlagsfragen herangezogen und gab offiziell Broschüren und Bücher unter dem Dach von NOWA und des Verlagsinstituts des Zentralrats der Gewerkschaften heraus (gemeinsam mit Bogdan Pigłowski). Das bedeutendste der damals publizierten Bücher waren die „Danziger Gespräche“ (Rozmowy gdańskie) mit den Mitschriften der Verhandlungen im August 1980, die zur Danziger Vereinbarung geführt hatten. (Die staatliche Zensur stoppte den Druck und forderte die Entfernung des Vorwortes von Anna Walentynowicz, lenkte jedoch ein, als Chojecki drohte, das Buch außerhalb der Zensur herauszugeben.)

Im Oktober 1981 fuhr Chojecki ins Ausland. Er vertrat den Solidarność-Verlag auf der Frankfurter Buchmesse und versuchte in den USA, Papierlieferungen für den „Tygodnik Solidarność“ (Solidarność-Wochenzeitung) über kanadische Gewerkschaften zu organisieren. Die Nachricht von der Ausrufung des Kriegsrechts überraschte ihn in New York.

Anfang 1982 siedelte Chojecki nach Paris über, wo er im April die gesellschaftspolitische Monatsschrift „Kontakt“ gründete. 1983 folgte die Firma „Video-Kontakt“, die Videofilme zur Zeitgeschichte Mitteleuropas produzierte. Im Auftrag des Brüsseler Koordinierungsbüros der Solidarność (die internationale Vertretung der Untergrundgewerkschaft) organisierte er zwischen Juni 1982 und Juni 1986 den Transport von Drucktechnik nach Polen, wofür er Lastwagen nutzte, die Hilfsgüter nach Polen brachten. Auf diese Weise unterstützte er die Untergrunddruckereien und -Verlage mit Dutzenden von Druckmaschinen (darunter 20 Offsetdruckmaschinen) und Tonnen von Material.

Seine Wohnung in der Nähe von Paris wurde zum Sammelpunkt für Reisende aus Polen, die dort Informationen, Geld für die oppositionelle Arbeit und Literatur zur Verteilung in der Volksrepublik erhielten. 1988 brach dort unter ungeklärten Umständen ein Brand aus.

1987 begann Chojecki damit, einen Satelliten-Fernsehkanal in Anlehnung an Radio Freies Europa aufzubauen. Zwei Sendungen wurden ausgestrahlt: im September 1988 ein in der Danziger Werft gedrehter Film über die Streiks vom August 1988 sowie im Dezember 1988 die Aufnahme einer Begegnung von Lech Wałęsa und dem russischen Dissidenten Andrei Sacharow in Paris.

Nach dem Regimewechsel kehrte Chojecki 1990 nach Polen zurück. Dort war er Mitgründer des Privatsenders „Unabhängiges Polnisches Fernsehen“ (Niezależna Telewizja Polska) und 1992 von „Neues Warschauer Fernsehen“ (Nowa Telewizja Warszawa), die jedoch keine Sendelizenz erhielten. Seit 1991 ist er Eigentümer der Firmengruppe „Kontakt“, die Fernsehfilme über die antikommunistische Opposition und zu zeitgeschichtlichen Themen produziert. 1999–2000 war er zudem Berater des polnischen Kulturministers.

2004 gründete Chojecki die Vereinigung „Freies Wort“ (Stowarzyszenie Wolnego Słowa), in der sich ehemalige Oppositionelle und Mitarbeiter der unabhängigen Presse sammeln und dessen Ehrenvorsitzender er bis heute ist. 2005 war Mirosław Chojecki einer der Initiatoren der Gesellschaft für Nationales Gedächtnis (Stowarzyszenie Pamięci Narodowej).