Ján Chryzostom Korec wurde 1924 in Bošany, unweit von Topoľčany im Westen der Slowakei geboren. Er studierte Theologie und Philosophie in Brünn (Brno) und Trnava. Während der Klosterauflösungen 1950 durch die Kommunisten sperrte man Korec in Internierungslager in Jasov, Podolínec und Pezinok. Im September desselben Jahres wurde er wegen seines schlechten Gesundheitszustands aus dem Lager entlassen. In den 50er Jahren arbeitete Korec daraufhin in einer Fabrik. Am 1. Oktober 1950 wurde er heimlich zum Kaplan geweiht, am 24. August 1951 dann zum Bischof, wovon die Staatssicherheit 1955 erfuhr.
Die erste von vielen weiteren Hausdurchsuchungen fand bei ihm am 21. Januar 1960 statt, am 11. März wurde er verhaftet. Im Mai desselben Jahres verurteilte ihn das Bezirksgericht Bratislava (Pressburg) in einem nichtöffentlichen Prozess zu zwölf Jahren Gefängnis. Durch die Bekanntgabe des Urteils erfuhr die Öffentlichkeit auch, dass Korec das Bischofsamt ausübte. Nach fast acht Jahren wurde er am 20. Februar 1968 aus der Haft entlassen und anschließend am 24. Juni 1969 rehabilitiert. Trotzdem konnte er in den 70er und 80er Jahren nur als Fabrikarbeiter und Straßenreiniger in Bratislava arbeiten, auch gingen die staatlichen Schikanen weiter. Zwischen 1975 und 1979 wurde er 15 Mal verhört.
In den 80er Jahren meldete sich Ján Chryzostom Korec wiederholt in der Öffentlichkeit zu Wort. Zu seinen Mitstreitern gehörten unter anderem Silvester Krčméry (durch dessen Vermittlung er Dominik Tatarka kennen lernte), Vladimír Jukl, František Mikloško und Vladimír Ďurikovič. Engen Kontakt hielt Korec auch zu Josef Zvěřina und zu slowakischen Geistlichen der evangelisch-augsburgischen Kirche (vor allem mit Jozef Juráš und seiner Familie). Mit polnischen Priestern und katholischen Bürgerrechtlern hatte er dagegen nur gelegentlichen Kontakt. Auf der polnischen Seite vermittelten die mit dem Papst befreundete Wanda Półtawska und das Umfeld der Zeitschrift „Tygodnik Powszechny“ (Allgemeine Wochenzeitung) einen Kontakt zwischen Johannes Paul II. und den slowakischen Dissidenten, neben Korec auch Krčméry und Jukl. Der Priester Stanisław Ługowski vom Marianerorden war einer von vielen, der Hilfe für die slowakische Kirche organisierte. Ługowski war seit 1990 in der Diözese Nitra aktiv. Zusammen mit Mikloško und Ján Čarnogurský stattete Korec Kardinal František Tomášek in Prag einen Besuch ab.
Korec spielte eine sehr wichtige und integrative Rolle für die slowakischen katholischen Bürgerrechtler. Im Vorfeld der Wahlen zum slowakischen Nationalrat im April 1980 protestierte er gegen die Verfolgungs- und Verhörmethoden der Staatssicherheit. 1983 unterschrieb er eine Petition, welche die Repressionen des staatlichen Sicherheitsapparats gegen den Franziskanerorden verurteilte. Später verfasste er einen Brief an den slowakischen Premier Peter Colotka, in dem er gegen die Maßnahmen der Staatssicherheit während der Kerzendemonstration protestierte. Obwohl er an dieser Demonstration nicht persönlich teilgenommen hatte, wurde er daraufhin von der Staatssicherheit festgenommen.
Im November 1987 unterschrieb er die „Erklärung zur Deportation der Juden aus der Slowakei“ (Vyhlásenie k deportáciám Židov zo Slovenska). Er bekundete öffentlich seine Solidarität mit den inhaftierten Untergrundaktivisten der katholischen Kirche und unterstützte ebenso diejenigen, die den katholischen Samisdat organisierten. Seine Schriften erschienen unter anderem in Kanada, Italien und Österreich.
1990 empfing er die Weihe zum Erzbischof von Nitra, ab 1991 war er Kardinal. Ján Chryzostom Korec starb 2015 mit 91 Jahren in Nitra.