Die erste Repressionswelle gegen die Kirche setzte als Reaktion auf deren Ablehnung ein, kirchliche Strukturen voll und ganz dem Staat unterzuordnen. Zudem unterstützte die Kirche antikommunistische Kreise im Norden des Landes. Um staatlicherseits entsprechenden Druck aufzubauen, wurden im Januar 1946 jesuitische Geistliche verhaftet und erschossen. Die größten Repressalien hatte der katholische Klerus in der Zeit nach der Niederschlagung des Aufstands von Postribë zu erleiden. Allein im Jahre 1949 wurde die Hälfte aller katholischen Geistlichen ermordet. Erst im Juli 1951 kam es zum Kompromiss: Das kommunistische Regime gestand der katholischen Kirche das Recht zu, weiterhin Kontakte zum Heiligen Stuhl zu pflegen, auch wenn es alles daran setzte, diese Kontakte auf ein Minimum zu beschränken.
Im November 1946 wurde das Gesetz Nr. 372 „Über Verbrechen gegen das Volk und den Staat“ verabschiedet. Es erweiterte den Begriff der feindlichen Tätigkeit gegen die neue politischen Verhältnisse und die staatlichen Machtorgane erheblich. Hierzu zählte fortan auch die unterlassene Anzeige einer Straftat. Im Januar 1947 saßen offiziellen Angaben zufolge 4.749 Menschen in albanischen Gefängnissen, davon 3.659 auf der Grundlage des Gesetzes Nr. 372. Für politische Gefangene baute man ein Netz von Arbeitslagern auf. Grund hierfür war die Überfüllung der Gefängnisse sowie die Überzeugung, dass die Haftbedingungen in regulären Gefängnissen zu gut wäre. 1947 existierten vier solcher Arbeitslager. Im größten – Maliqi – arbeiteten über 1.000 Häftlinge bei der Trockenlegung von Mooren. Weitere Arbeitslager entstanden in der Regel im Zusammenhang mit Großprojekten, wie dem Bau von Kanälen, Flughäfen, Eisenbahnstrecken usw. Typisch waren auch Arbeitslager in der Nachbarschaft von Bergwerken. Das berüchtigste von ihnen war das Lager in Spaç, das an die dortige Pyritgrube angeschlossen. Die Haftbedingungen in den Lagern waren katastrophal, die täglichen Lebensmittelrationen (zumeist aus Grütze und Reis bestehend) lagen bei unter 300 Gramm pro Häftling.
Ebenfalls 1947 wurden 1.272 Personen aus politischen Gründen in Internierungslagern festgehalten. Zu einer solchen Strafe verurteilte man zumeist Angehörige von Häftlingen, die in komplett isolierte Ortschaften verbannt wurden. Diese „geschlossenen Dörfer“ waren von Funktionären der Abteilung für Volksverteidigung streng bewacht, es bestand keinerlei Bewegungsfreiheit für die Insassen. Die Gesamtzahl inhaftierter Personen lag weit über der aller vorheriger Epochen, sie übertraf sogar die Verhältnisse während der italienischen Besatzung, die bis dahin als extremes Unterdrückungsregime gegolten hatte.
Die Anwendung der kollektiven Haftung, also der Sippenhaft, wurde zu einer äußerst effizienten Methode zur Eliminierung potenzieller Bedrohungen. Für die Tat eines Einzelnen konnte dessen gesamte Familie bestraft werden. Das Wissen um die Gefährdung der nächsten Angehörigen verhinderte jegliche Versuche, die bestehende politische und gesellschaftliche Ordnung infrage zu stellen. Angesichts der Sinnlosigkeit aktiven Protests entschlossen sich viele – besonders junge – Menschen zu anderen Formen des Widerstandes. In den meisten Fällen war dies die Flucht ins Ausland, zumeist unmittelbar vor Beginn des Militärdienstes. Nach dem Bruch Belgrads mit den übrigen Ländern des Ostblocks 1948 wurde die Flucht ins benachbarte Jugoslawien zu einem gefährlichen Unternehmen. Scheiterte der Fluchtversuch, drohte eine Anklage wegen Staatsverrats. Viele, denen die Flucht gelang, engagierten sich in der Hoffnung auf den Sturz des Hoxha-Regimes in der Zukunft in albanischen Exilorganisationen, die vor allem in Jugoslawien einen besonders starken Zulauf hatten.
Albanien wurde ab 1949 mehrfach zur Zielscheibe von Diversionsakten der über ganz Europa zerstreut lebenden Exilalbaner. Die größte dieser Aktionen, für die das in Frankreich agierende Komitee Freies Albanien politisch verantwortlich zeichnete, fand 1949–53 statt, endete jedoch in einem völligen Fiasko. Albanischen Quellen zufolge waren daran bis zu 900 Personen beteiligt, von denen über 300 auf albanisches Territorium geschleust wurden. Von diesen wurden mindestens 200 ermordet oder inhaftiert. Es folgten mehrere Schauprozesse, in denen die meisten Angeklagten zum Tode verurteilt wurden. Der letzte dieser Prozesse fand am 12. April 1954 statt. Der Erfolg der Kommunisten war nicht zuletzt durch die Mitwirkung oder zumindest die Gleichgültigkeit der eingeschüchterten Bevölkerung möglich geworden. In späteren Jahren, wie 1982, scheiterte eine weitere Operation unter Regie der Xhevdet-Mustafa-Gruppe, die im Auftrag des im Exil lebenden albanischen Thronfolgers Leka Zogu handelte.