Nachdem er 1967 unter Auflagen aus dem Gefängnis entlassen worden war, engagierte er sich in einer auch „Kommandotrupp“ genannten Studentengruppe, die sich zum Teil aus ehemaligen „Walteristen“ rekrutierte und an der Warschauer Universität Protestaktionen organisierte. Anfang 1968 nahm Kuroń an den Protesten gegen die erzwungene Absetzung des Theaterstücks „Dziady“ (Totenfeier) von Adam Mickiewicz teil, das Kazimierz Dejmek am Warschauer Nationaltheater inszeniert hatte. Unter anderem verfasste er Flugblätter, die dann an der Universität verteilt wurden. Auch an der Entscheidung, als Reaktion auf die Zwangsexmatrikulation von Adam Michnik und Henryk Szlajfer eine studentische Protestkundgebung durchzuführen, war er beteiligt. Nach seiner erneuten Verhaftung am 8. März 1968 wurde Kuroń zur Zielscheibe heftiger Propaganda-Attacken der Partei in den Medien. Im Januar 1969 wurde er im Prozess gegen die sogenannten Rädelsführer der Ereignisse vom März 1968 zu dreieinhalb Jahren Gefängnis verurteilt. Am 17. September 1971 kam er vorzeitig aus der Haft frei.

In den folgenden Jahren überprüfte Kuroń seine politischen Überzeugungen. Er war auf der Suche nach einem Wertesystem, in dem es möglich sein würde, die wichtigsten linken Werte mit der ethischen Botschaft des Christentums und mit der Perspektive einer demokratischen, pluralistischen Gesellschaft in Einklang zu bringen. Die Ergebnisse seiner Überlegungen sind am umfassendsten in der Broschüre „Zasady ideowe“ (Ideelle Grundlagen; erschienen 1977 bei NOWA) dargestellt. Als Grundwert bezeichnete er das Wohl des Menschen, das in der Souveränität des Individuums und dessen schöpferischen Wirken in seinem gesellschaftlichen Umfeld liegt. Kuroń sprach sich für eine parlamentarische Demokratie und die Souveränität des Staates aus, machte jedoch auf die Gefahr der Dominanz des Staates (auch eines demokratischen) über das Individuum aufmerksam; dagegen sollte das aktive Engagement verschiedener Formen von Selbstverwaltungen und Vereinen schützen.

In den Aufsätzen „Politische Opposition in Polen“ (Polityczna opozycja w Polsce; erschienen in „Kultura“, Nr. 11/1974) und „Gedanken zum Handlungsprogramm“ (Myśli o programie działania; erschienen in „Aneks“, Nr. 13–14/1977) legte Kuroń seine Vorstellungen von der Handlungsstrategie der demokratischen Opposition dar. Das in der Volksrepublik herrschende System bezeichnete er als totalitär, was sich dadurch ausdrücke, dass die herrschende Partei das Organisations-, Informations- und Entscheidungsmonopol innehabe. Den Weg zur Wiedererlangung der Freiheit durch die Bürger sah er in unabhängigen gesellschaftlichen Bewegungen. Indem sich die Bürger zur Verwirklichung gemeinsamer Werte und konkreter Ziele in kleinen, sich mit der Zeit ausbreitenden Gruppen zusammenfänden, könnten sie die Keimzellen einer unabhängigen gesellschaftlichen Bewegung bilden und so das totalitäre Machtmonopol durchbrechen. Notwendig sei dabei jedoch, dass man sich im Rahmen des geltenden Rechts bewege. In Bezug auf die Frage, wie weit man bei der Wiedererlangung der Unabhängigkeit Polens von der Sowjetunion gehen könne, sah Kuroń in der sogenannten „Finnlandisierung“ eine Etappe auf dem Weg zur vollen Unabhängigkeit in fernerer Zukunft.