Noch 1946 kam es zu Schauprozessen, die mit Todesurteilen und hohen Haftstrafen endeten. So wurde der im Juni angeklagte serbische Tschetnik-Führer General Draža Mihailović nur einen Monat später hingerichtet und der im September verhaftete Erzbischof von Zagreb Alojzije Stepinac im Oktober zu 16 Jahren Zwangsarbeit verurteilt.
In der jugoslawischen Teilrepublik Kroatien war die Entwicklung in besonderer Weise immer auch mit der Erinnerung an den Unabhängigen Staat Kroatien (NDH) verbunden. Einerseits setzten die jugoslawischen Kommunisten den NDH mit der Ustascha und insbesondere deren Verbrechen gleich. Andererseits traten sie als Garant dafür auf, dass den nationalen Bestrebungen der Kroaten Rechnung getragen würde. Den neuen Machthabern gelang es, von sich ein Bild als Verfechter eines neuen Jugoslawiens zu zeichnen, als der völligen Abkehr vom zentralistischen, serbisch dominierten Königreich der Vorkriegszeit. Marschall Tito selbst, der sich zuweilen gar als „Kroate und Katholik“ bezeichnete, sollte demnach über die Einhaltung der Politik gemäß der Losung Brüderlichkeit und Einheit wachen. Hinzu kamen viele ehemalige kroatische Partisanen, die die Trägerschicht des neuen Staates entscheidend mitprägten. Damit erlangten die Kommunisten in Kroatien eine ungleich größere Legitimation als in Ländern wie Ungarn oder Polen. Der Parteiführung gelang es, den Aufbau des Sozialismus und die Frage eines herausgehobenen Status Kroatiens innerhalb Jugoslawiens argumentativ in Einklang zu bringen und gleichzeitig jede Form von Opposition, die sich auf nationale Positionen berief, als Ustascha-Nationalismus zu brandmarken und ihr damit die Daseinsberechtigung abzusprechen. So fanden 1954, Ende 1956, im April 1957, im September 1959 und im Juli 1964 Prozesse gegen Angehörige verschiedener Studentengruppen der Universität Zagreb statt. Im Namen der Freiheit der Nation hatten sie sich gegen den Kommunismus gestellt und dabei auf die verbotenen Traditionen der kroatischen Nationalbewegung berufen. Ob sie in der Tat Ustascha-Anhänger waren oder ob es sich bei diesem Vorwurf lediglich um eine Behauptung der Staatsanwaltschaft handelte, blieb unklar.