Im Herbst 1971 kam Tito (der es bis dahin verstanden hatte, sich die kroatische Parteiführung in der Auseinandersetzung mit den reformunwilligen Kommunisten in Serbien zunutze zu machen) zu dem Schluss, dass die Situation außer Kontrolle geraten könnte und forderte das Ende aller auf nationale Belange abzielenden gesellschaftlichen Aktivitäten in Kroatien. Die dortige Parteiführung hatte zuvor eine Zeit lang erfolgreich versucht, die Situation zu entschärfen. Beispielsweise nahmen die Studentenproteste von 1968 in Kroatien im Gegensatz zu denen in Belgrad einen eher ruhigen Verlauf und endeten ohne größere Auseinandersetzungen. Dies gelang zum einen durch die Erfüllung einer Reihe studentischer Forderungen, sowohl in ökonomischen als auch in hochschulpolitischen Fragen (so wurde der Studentenführer Ivan Čičak in freien Wahlen zum ersten studentischen Prorektor in der Geschichte der Universität Zagreb gewählt). Zum anderen appellierte man angesichts der sich abzeichnenden Konfrontation an die nationale Solidarität. Als die Studenten 1971 in den Streik traten und so ihre Unterstützung für die kroatische Parteiführung zum Ausdruck brachten, stellte Tito dem Bund der Kommunisten Kroatiens auf einer ZK-Sitzung der Mutterpartei in Karađorđevo (Vojvodina) ein Ultimatum: „Normalisierung der Situation in Kroatien“ oder Rücktritt. Die kroatische Parteiführung trat zurück, und noch im selben Monat setzten Repressionen ein.
Nach Einschätzung des an der Universität Zagreb wirkenden Maspok-Aktivisten Marko Veselica, der selbst zu sieben Jahren Gefängnis unter verschärften Haftbedingungen verurteilt worden war, waren etwa 32.000 Menschen von unterschiedlichsten Repressalien betroffen (Verhaftungen, Verhöre, Kündigungen). 741 Personen wurden aus der Partei ausgeschlossen, 33 Parteiorganisationen wurden aufgelöst. Die Studentenführer Ivan Čičak und Dražen Budiša wurden zu drei bzw. vier Jahren Gefängnis verurteilt. Franjo Tuđman, Vorstandsmitglied der „Matica hrvatska“, wurde 1972 zu zwei Jahren Haft verurteilt (die Haftstrafe wurde später auf neun Monate reduziert). Vlado Gotovac, Chefredakteur der Matica-Wochenzeitung „Hrvatski tjednik“, musste für vier Jahre ins Gefängnis. Wie in stalinistischer Zeit und während des Kampfes gegen die*Kominformisten gehörten die Namen der Gefängnisse Stara Gradiška und Lepoglava, in denen die politischen Gefangenen inhaftiert wurden, schon bald erneut zum Alltagswortschatz der Kroaten.
Die Niederschlagung des Kroatischen Frühlings leitete den 15 Jahre währenden Zeitraum eines „großen Schweigens“ ein, in das die kroatische Gesellschaft und die Reste der Reformkräfte in der Partei verfielen. Zugleich erfolgte in der Politik des BdKJ keineswegs eine Rückkehr zum Zentralismus – im Gegenteil: Die noch während des Kroatischen Frühlings beschlossenen Verfassungsänderungen für die Sozialistische Föderative Republik Jugoslawien bildeten die Basis für die Schaffung der neuen Verfassung von 1974, die die Dezentralisierung des Landes weiter vorantrieb. Die Teilrepubliken wurden als auf die Souveränität der Völker gründende „Staaten“ definiert. Laut Verfassung stützten sich alle Organe der Föderation – unter Wahrung der Parität der Teilrepubliken in den Föderationsorganen – auf das Prinzip der Delegierung (nicht der Wahl) seitens der Organe auf lokaler und Republikebene. Der BdKJ war damit die einzige Struktur, die die formal selbständigen politischen Systeme der Teilrepubliken miteinander verknüpfte.
In diesem Kontext ist es kaum verwunderlich, dass die Repressionen gegen all jene verschärft wurden, die in Kroatien das Machtmonopol der kommunistischen Partei infrage stellten. Die kroatische Opposition verband den Kampf um die nationale Emanzipation der Kroaten mit dem Kampf um Demokratie und Einhaltung der Menschenrechte. Dražen Budiša erinnert sich an die 80er Jahre: „Das wichtigste politische Ziel war die Errichtung eines unabhängigen kroatischen Staates. Wir hatten keine Ahnung von der Schaffung eines pluralistischen Systems, wir wollten das stalinistische System ändern, aber die [oppositionelle] Bewegung war von Natur aus pluralistisch.“ Die Partei bemerkte das und tat alles, um die Entstehung eines organisatorischen Überbaus der Bewegung zu verhindern. In den späten 70er Jahren, besonders nach Titos Tod 1980, standen die aus den Gefängnissen entlassenen Aktivisten des Kroatischen Frühlings erneut vor Gericht. Veselica wurde 1981 wegen eines Interviews für den „Spiegel“ verurteilt, Tuđman bekam drei Jahre Haft für Interviews, die er westlichen Fernsehsendern gegeben hatte, und Gotovac kam wegen eines Gesprächs mit einem schwedischen Fernsehkorrespondenten für zwei Jahre ins Gefängnis. Ein führender Politiker der Kroatischen Bauernpartei (HSS) wurde zu zwölf Jahren Haft verurteilt, weil er sich mit HSS-Exilpolitikern getroffen hatte. Zu vier Jahren Gefängnis wurde 1980 ein Oppositioneller der jungen Generation, der 1960 geborene Dobroslav Paraga, verurteilt. Er hatte Unterschriften für eine Petition gesammelt, in der die Freilassung politischer Gefangener gefordert wurde.
Die Situation änderte sich in der zweiten Hälfte der 80er Jahre. Weniger denn je konnte das Regime die Meinung der internationalen Öffentlichkeit und die unrühmliche Position, die Jugoslawien im Ranking der Unterdrückungsregime von Amnesty International weltweit einnahm, ignorieren. Auch war die kroatische Parteiführung zunehmend durch die Auseinandersetzungen mit den serbischen Kommunisten um die zukünftige Gestalt der Partei und des Föderationsstaates beansprucht. 1986 wurde Dobroslav Paraga aus dem Gefängnis entlassen, der 1987 verhaftete Čičak kam schon nach zwei Monaten wieder frei. Ebenfalls 1987 erhielt Tuđman einen Reisepass und besuchte die wichtigsten Zentren der kroatischen Emigration. Während dieser Reise bemühte er sich – zum Leidwesen der Machthaber, die daran überhaupt kein Interesse hatten – um Aussöhnung zwischen den einstigen Partisanen und den Vertretern der einstigen Ustascha, die im politischen Exil eine dominierende Gruppe darstellten. Diese waren zuvor von Zeit zu Zeit aktiv geworden und hatten Diversionsgruppen ins Land geschickt, die dort Anschläge auf Verkehrswege und staatliche Einrichtungen verübten oder wie die sogenannte Bugojno-Gruppe im Sommer 1972 versuchten, einen Volksaufstand zu entfachen. So wurde 1966 der jugoslawische Konsul in Stuttgart ermordet, 1971 traf es den jugoslawischen Botschafter in Schweden, 1976 den Konsul in Frankfurt am Main, weitere jugoslawische Diplomaten im Ausland wurden bei Attentaten verletzt. 1972 wurde kroatischen Terroristen der Absturz eines Flugzeugs der jugoslawischen Fluggesellschaft JAT angelastet (seit 2009 gibt es Zweifel an dieser Version), bei dem 27 Personen ums Leben kamen.
In den 80er Jahren stellte sich der kroatischen Opposition die katholische Kirche als Verbündeter zur Seite. Auch sie hatte den Terror in den ersten Jahren der kommunistischen Herrschaft auf traumatische Weise erlebt. Allein 1945 wurden 243 Priester ermordet, 89 verschwanden spurlos und 168 wurden inhaftiert. Eine zusätzliche Belastung war die Zusammenarbeit vieler katholischer Geistlicher mit der Führung des Unabhängigen Staates Kroatien (NDH), die den kommunistischen Machthabern in ihrem Kampf gegen die Kirche einen weiteren Anknüpfungspunkt lieferte (beispielsweise im Schauprozess gegen Erzbischof Alojzije Stepinac). Priester wurden verfolgt, der Religionsunterricht wurde aus den Schulen verbannt, der Bau von Kirchen eingeschränkt, die katholische Presse beschnitten. Diese Repressionen dauerten bis in die 60er Jahre, als die Belgrader Staatsführung und der Heilige Stuhl 1966 ein Abkommen unterzeichneten, das die Freiheit der Kirche in Jugoslawien garantierte. In den darauffolgenden Jahren festigten sich ihre institutionellen Strukturen, der kirchliche Bildungssektor und das katholische Verlagswesen entwickelten sich lebhaft. Es wurde sogar ein Dialog von katholischen und marxistischen Intellektuellen initiiert, und Priester hielten Vorträge an Universitäten.
Der Preis für die Normalisierung der Situation der Kirche war das Schweigen in politischen Fragen. Während des Kroatischen Frühlings unterstützten zwar auch Würdenträger und einfache Priester die Nationalbewegung, überließen es aber den Laien, sich für gesellschaftliche Anliegen zu engagieren. Als nach Dezember 1971 auch sie zum „großen Schweigen“ gezwungen wurden, meldete sich die Kirche unter Führung des Zagreber Erzbischofs Franjo Kuharić immer öfter im Namen des kroatischen Volkes zu Wort. Damit in Zusammenhang stand das von ihm anlässlich des 1300. Jahrestags der Christianisierung Kroatiens initiierte Programm für die moralische und religiöse Erneuerung der Kroaten. Den Feierlichkeiten 1984 gingen ein mehrjähriger intellektueller Diskurs und umfangreiche Gebetsaktivitäten voraus, die von den Behörden kritisch verfolgt wurden. Kuharić wurde vorgeworfen, er stilisiere sich zum selbsternannten „Schutzherrn des kroatischen Volkes“ und propagiere, nur ein guter Katholik könne auch ein guter Kroate sein. Die Kirche war jedoch nicht nur bemüht, die nationale Identität der Kroaten zu stärken, sie bezog auch immer öfter Stellung gegen Menschenrechtsverletzungen im Land. Ein wichtiges Sprachrohr war Kuharić, aber auch kirchliche Zeitschriften wie „Glas Koncila“ (Stimme des Konzils) griffen Themen auf, die in der Partei- und Staatspresse tabu waren. Mit 150.000 Exemplaren war die Auflage dieses Blattes unter den herrschenden Bedingungen enorm.