Die Entspannung des Parteikurses gegenüber den Dissidenten um die Jahreswende 1986/87 stand in direktem Zusammenhang mit den zunehmenden internen Machtkämpfen innerhalb der Führungsriege des BdKJ. In Serbien hatten Politiker wie Slobodan Milošević die Kontrolle über die kommunistische Partei übernommen, die eine Veränderung des durch die Verfassung von 1974 garantierten dezentralisierten Staatswesens anstrebten und die Bedeutung Serbiens innerhalb der jugoslawischen Föderation stärken wollten. Anders die kommunistischen Parteien in Slowenien und Kroatien: Sie waren mit dem Status quo der Verfassung zufrieden und stellten sich gegen den serbischen Machtanspruch. Auch zeigten sie sich gegenüber den nationalen Postulaten der gesellschaftlichen Akteure in den Teilrepubliken recht wohlgesonnen. Während jedoch die slowenischen Kommunisten berechtigte Hoffnungen hegten, sich an die Spitze der wiedererstehenden oppositionellen Zivilgesellschaft zu stellen, bezogen die kroatischen Kommunisten ihre Legitimation aus der Niederschlagung der oppositionellen Bewegung im Land. In Kroatien wurden die Dissidenten erst aus den Gefängnissen entlassen, nachdem in der in Ljubljana erscheinenden Zeitschrift „Nova revija“ 1987 bereits das slowenische Nationalprogramm veröffentlicht worden war, das die Unabhängigkeit der Republik Slowenien und die Westanbindung des Landes postulierte. Als die slowenischen Kommunisten bereits gemeinsam mit Vertretern der Opposition auf einer Demonstration ihre Solidarität mit den streikenden Bergarbeitern in Kosovo bekundeten, entstanden in Kroatien gerade erst die ersten unabhängigen politischen Initiativen.
Im Januar 1989 fand die Gründungsversammlung des Kroatischen Sozial-Liberalen Bundes (Hrvatski socijalno-liberalni savez, später Hrvatska socijalno-liberalna stranka, HSLS) statt, einer Partei, deren Leitung die führenden Köpfe der einstigen Maspok-Bewegung (Dražen Budiša, Vlado Gotovac) übernahmen. Im Februar entstand dann die Kroatische Demokratische Union (Hrvatska demokratska zajednica, HDZ), ein in ganz Ostmitteleuropa einmaliges Konglomerat aus Dissidenten, national gesinnten Kommunisten (darunter ehemalige Generäle), Exilrückkehrern – alle vereint unter der Führung ihres charismatischen Anführers Franjo Tuđman. Die Gründung dieser Parteien bedeutete auch das Ende der dissidentischen Synthese von Nationalbewegung und Menschenrechtsbewegung. Die HDZ gewann im April und Mai 1990 die freien Wahlen und wurde zu einer klar nationalistisch ausgerichteten Partei, deren vorrangiges Ziel der Aufbau eines unabhängigen Nationalstaats um jeden Preis war. Die HSLS übernahm die Rolle der liberalen Opposition, die mit scharfer Kritik an der HDZ-Regierung nicht sparte. Die Kommunisten, denen der Boden unter den Füßen entglitt, benannten sich um, wechselten die Führung aus und stimmten sehr schnell freien Wahlen zu, hoffend, den Oppositionsparteien würde es nicht gelingen, sich in so kurzer Zeit ausreichend darauf vorzubereiten. Obwohl die Kommunisten bei der Wahl im Mai 1990 dann auch keine völlige Niederlage erlebten, mussten sie sich doch deutlich der HDZ geschlagen geben, die mehr als 40 Prozent der Stimmen erhielt und fortan beide Kammern des neu gewählten Parlaments dominierte. Bei einem Referendum im Mai 1991 sprachen sich mehr als 93 Prozent der Wahlberechtigten für die staatliche Souveränität Kroatiens aus. Im Juni folgte die Unabhängigkeitserklärung des inzwischen zum Präsidenten gewählten Tuđman. Schon ab März 1991 war es verstärkt zu Kampfhandlungen zwischen kroatischen und von serbischer Seite unterstützen, militärischen und paramilitärischen Verbänden gekommen, bei denen es vor allem um die Vorherrschaft in den überwiegend von ethnischen Serben bewohnten Landesteilen ging. Für Kroatien folgten mehr als vier Jahre kriegerische Auseinandersetzungen im Kroatienkrieg und Bosnienkrieg, die erst mit dem Abkommen von Dayton im November/Dezember 1995 ein Ende fanden.