Im Mai 1988 erhielt Michnik gemeinsam mit Zbigniew Bujak den Robert-F.-Kennedy-Menschenrechtspreis. Überreicht wurde ihnen der Preis von Senator Edward Kennedy, der zusammen mit seiner Familie Polen besuchte.

Michnik verfolgte die Geschehnisse in der UdSSR aufmerksam und sah in den Reformbemühungen Michail Gorbatschows die Chance für eine wesentliche Schwächung des Systems, was auch positive Auswirkungen auf die Entwicklung in Polen und im gesamten Ostblock haben musste. Anfang 1988 regte er einen Brief an, den polnische Künstler und Intellektuelle an die Kulturschaffenden und Wissenschaftler in der UdSSR sandten. Darin wurde der Hoffnung Ausdruck gegeben, die Demokratisierung könne auch zu einer Verbesserung der Beziehungen zwischen beiden Völkern führen. Die Russen wurden in dem Schreiben aufgefordert, das Massaker von Katyń zu verurteilen, bei dem 1940 unter anderen tausende polnische Offiziere von der sowjetischen Geheimpolizei erschossen worden waren.

Michnik unterstützte die Gespräche der Solidarność mit führenden Parteivertretern, die im Herbst 1988 begannen. In den Augen von Staats- und Parteichef Jaruzelski blieb er jedoch weiterhin – neben Jacek Kuroń – der größte Staatsfeind. Die Herrschenden weigerten sich lange, seine Anwesenheit bei den Verhandlungen zu akzeptieren. Im Dezember 1988 wurde Michnik Mitglied des Bürgerkomitees (Komitet Obywatelski) beim Vorsitzenden der Solidarność. Er nahm an den Gesprächen am Runden Tisch (6. Februar bis 5. April 1989) teil. Als Teilnehmer der vertraulichen Gespräche in Magdalenka bei Warschau und der Arbeitsgruppe Politische Reformen war er einer der Architekten der erzielten Übereinkunft.

Die politische Position Michniks wurde auch dadurch bestätigt, dass Lech Wałęsa ihn zum Chefredakteur der ab 1989 aus Anlass der halbfreien Wahlen legal erscheinenden Tageszeitung „Gazeta Wyborcza“ (Wahlzeitung) ernannte. Die erste Ausgabe der Zeitung erschien am 8. Mai 1989 in einer Auflage von 150.000 Exemplaren. Zu den halbfreien Parlamentswahlen am 4. Juni 1989 kandidierte Michnik im Wahlbezirk Kattowitz und zog als Abgeordneter ins Parlament ein.

Im Sejm spielte er eine wichtige Rolle und war einer derjenigen, die die Konzeption einer Solidarność-Regierung unter dem Schlagwort „Euer Präsident, unser Premierminister“ (Wasz prezydent, nasz premier). Nach dem Ende des Kommunismus in Polen war er 1990 einer der Gründer der Bürgerbewegung „Demokratische Aktion“ (Akcja Demokratyczna). 1991 trat er nicht noch einmal bei den Sejm-Wahlen an und beendete somit seine unmittelbare politische Tätigkeit. Als Chefredakteur der „Gazeta Wyborcza“, einer der größten meinungsbildenden Tageszeitungen Polens, der er seit 1989 ununterbrochen ist, blieb Michnik jedoch eine wichtige Persönlichkeit des polnischen und europäischen öffentlichen Lebens.

Für seine Verdienste wurde Michnik mit vielen internationalen Preisen ausgezeichnet, so beispielsweise mit dem Europäischen Journalistenpreis (1995) und der Imre-Nagy-Medaille (1995). 1999 war er der erste nicht-spanische Preisträger des Francisco-Cerecedo-Journalistenpreises. Als einziger polnischer Journalist stand er auf der Liste der 50 „Helden der Pressefreiheit“, die 2000 vom International Press Institute (IPI) veröffentlicht wurde. 2001 wurde ihm für seine Verdienste um die Entwicklung der europäischen Kultur und Gesellschaft der Erasmuspreis verliehen.