Mit der bürgerlichen Opposition waren auch zahlreiche Dissidenten aus kirchlichen Gruppen verbunden. Zu ihren wichtigsten Vertretern gehörten Ján Čarnogurský, Ján Langoš, Anton Selecký und František Mikloško. Obwohl diese sich an Aktivitäten der Untergrundkirche und an der Herausgabe katholischer Samisdatliteratur beteiligten, blieben sie sowohl ideell als auch politisch eigenständig. Ján Čarnogurský erlangte große Bekanntheit, als er die verfolgten Unterzeichner der *Charta 77 als Rechtsanwalt betreute. Seine anwaltliche Verteidigung von Drahomíra Šinoglová vor Gericht hatte zur Folge, dass er 1981 seine Zulassung als Anwalt verlor.
Um Alexander Dubček bildete sich neben der bürgerlichen eine weitere Gruppierung explizit politischer Oppositioneller, der unter anderem Ivan Laluha und Hvězdon Kočtúch angehörten. Sie bestand aus eher unbekannten ehemaligen Parteimitgliedern, die mit dem Reformprozess von 1968/69 verbunden blieben. Ihr Ziel war die Veränderung des politischen Systems durch Reformen. Mit einem Brief Alexander Dubčeks an den Tschechoslowakischen Nationalrat vom 28. Oktober 1974, in dem er die systematischen Verstöße gegen Menschen- und Bürgerrechte verurteilte, rückte diese Gruppierung stärker ins öffentliche Bewusstsein. In den 70er und 80er Jahren schrieb Alexander Dubček insgesamt 38 Protestschreiben, in denen er Verstöße gegen die Menschenrechte und Schikanen gegen seine Person anprangerte. Ein stärkeres Engagement entwickelte sich mit der einsetzenden Perestroika in der Sowjetunion. Zwischen 1988 und 1989 gaben Ivan Laluha und Hvězdon Kočtúch im Samisdat das Heft *„Myšlienka a čin“ (Denken und Handeln). heraus. Damit wollten sie andere ehemalige Parteimitglieder und Reformkommunisten dazu bewegen, sich in der Opposition zu engagieren. Sie versuchten, der Idee des *Prager Frühlings wieder zur Attraktivität zu verhelfen, indem sie auf die Ähnlichkeit ihrer Ideale und Ziele mit denen von Gorbatschows Perestroika verwiesen. Die Gruppe um Alexander Dubček hielt engen Kontakt mit den ehemaligen Reformkommunisten in Prag, die 1988/89 die Zeitschrift „Dialog“ herausgaben und Anfang 1989 den *Klub für sozialistische Umgestaltung „Wiedergeburt“ (Klub za socialistickou přestavbu Obroda) gründeten.
Die katholische Untergrundkirche und kirchliche Oppositionsgruppen
Die katholische Kirche sowie die Untergrundkirche waren ein elementarer Teil der Oppositionsbewegung in der Slowakei. Die katholische Kirche war die einzige gesellschaftliche Institution, die während der kommunistischen Herrschaft Mitglieder hinzugewinnen konnte. Der Versuch der kommunistischen Machthaber, die katholische Kirche und ihren Einfluss auf die tschechoslowakische Gesellschaft endgültig zu brechen, trug eher noch dazu bei, dass eine katholische Bürgerrechtsbewegung und Untergrundkirche entstanden. Da es den kommunistischen Machthabern nicht gelang, die Kirchenstrukturen vollends zu zerschlagen, organisierten sie im Juni 1949 die „Katholische Aktion“ mit der Absicht, die Kirche zu spalten. Diese hatte die Gründung einer sogenannten „nationalen“ Kirche zum Ziel, die organisatorisch und weltanschaulich vom Vatikan unabhängig sein sollte. Als das kommunistische Regime den Handlungsspielraum der bischöflichen Kurie immer weiter einschränkte und nach und nach andere katholische Institutionen auflöste, löste dies Ängste auf Seiten der Kirche um ihre Unabhängigkeit aus. Tatsächlich gelang es den slowakischen Behörden, durch politische Gerichtsprozesse die Schließung von Klöstern und Repressionen des Verwaltungsapparates, die offiziellen Kirchenstrukturen unter seine Kontrolle zu bringen. Als Reaktion auf die staatliche Diskriminierung gab der Vatikan schließlich sein Einverständnis zur Gründung einer Kirche im Untergrund, die sich in „Geheimabteilungen“ organisierte. Nach und nach übernahm die Untergrundkirche, an deren Spitze der im Geheimen geweihte Bischof Ján Chryzostom Korec stand, die Ausübung der vom Staat verbotenen Kirchenaufgaben wie beispielsweise das Klosterleben, die Bischofs- und Kaplanweihen, die Laienseelsorge, die Organisation von Pilgerreisen, die Jugendarbeit und das Wirken im akademischem Umfeld sowie die Herausgabe religiöser Literatur im Samisdat. Der Kontakt zum Vatikan sicherte der Untergrundkirche die legale Unterstützung der Kirchenhierarchie.
Die 70er Jahre waren gekennzeichnet durch eine „lautlose“ Arbeit der Untergrundkirche, deren Wirkung sich im folgenden Jahrzehnt entfalten sollte. Die kirchliche Untergrundarbeit funktionierte auf der Basis persönlicher Kontakte und kleiner Gruppen. Große Verdienste an deren Entstehung hatten die Schüler des Geistlichen Professor Tomislav Kolakovič, vor allem Silvester Krčměry und Vladimír Jukl, die in studentischen Milieus in Bratislava aktiv waren und ihr Netzwerk nach und nach auf das ganze Land ausdehnten.
In den 80er Jahren halfen die Untergrundkirche und kirchliche Oppositionsgruppen mit, Pilgerfahrten zu organisieren und Petitionen vorzubereiten, in denen die Einhaltung der Menschenrechte und die Religionsfreiheit gefordert wurden. Zu dieser Zeit gab die Kirche immer häufiger ihre auf den Untergrund ausgerichtete Aktivität auf. Im Oktober 1980 begann vor dem Kreisgericht in Rimavská Sobota der Prozess gegen Jozef Labuda und Emília Kesegová, die beide angeklagt wurden, „die staatliche Kirchenaufsicht zu behindern“. Während des Gerichtsverfahrens bekundeten 20 bis 30 Personen ihre Sympathie mit den Angeklagten und es zeigte sich zum ersten Mal die organisatorische Hilfe der *Charta 77 in der Slowakei. 1982 erschien mit „Náboženstvo a súčasnosť“ (Religion und Gegenwart) die erste katholische Untergrundzeitschrift für die ganze Slowakei, da bisherige Zeitschriften immer nur regional ausgerichtet gewesen waren. Eine der ersten dieser Publikationen war „Orientácia“ (Orientierung) gewesen, die von der Zipser Diözese im Norden der Slowakei herausgegeben wurde. Die Nähe zur polnischen Grenze, über die ein Großteil des Materials religiöser Literatur geschmuggelt wurde, begünstigte die Entwicklung des Samisdats in der Zipser Region. In den 80er Jahren thematisierten die Zeitschriften zunehmend alle Bereiche des gesellschaftlichen Lebens – Politik, Kultur, Geschichte, Sozialwissenschaften sowie Erziehung und Ausbildung der Kinder und Jugendlichen.